2015-05-02 59 views
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我有一个包含2个不同行标识符的数据集,我想使用2个不同的行标识符获取2个不同列的比率并输出到一个单独的文件中。来自2个不同匹配字段的Awk求和列

例如:

输入

Avpr1a CG 1 30 
Avpr1a CHG 2 15 
Avpr1a CHH 1 15 
Avpr1a CG 2 25 
Avpr1a CHG 5 15 
Avpr1a CHH 8 15 
BDNF CG 1 15 
BDNF CHG 2 15 
BDNF CHH 3 10 
BDNF CG 8 20 

基于列我想是$ 1,$ 2,得到的$ 4 $ 3 /总和之和的比率,以获得以下的(用于离。AVPR1A CG55分之3= 0.05)

输出

Avpr1a CG 0.05 
Avpr1a CHG 0.233 
Avpr1a CHH 0.3 
BDNF CG 0.xxx 
BDNF CHG 0.xxx 
BDNF CHH 0.xx 

你明白了。

我目前做的真的愚蠢由列分别相加,合并和分割

awk '{a[$1,$2]+=$3}END{for(i in a){print i, a[i]}}' 
awk '{a[$1,$2]+=$4}END{for(i in a){print i, a[i]}}' 
merge 
awk and print $3/$4 from intermediate files 

是否有可能实现我想要在一个awk命令呢?

谢谢!

回答

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是的,它甚至很容易:

awk '{s1[$1,$2] = $1; s2[$1,$2] = $2; s3[$1,$2] += $3; s4[$1,$2] += $4} 
    END { for (i in s3) print s1[i], s2[i], s3[i]/s4[i] }' data 

输出:

Avpr1a CG 0.0545455 
BDNF CHG 0.133333 
BDNF CHH 0.3 
Avpr1a CHG 0.233333 
BDNF CG 0.257143 
Avpr1a CHH 0.3 

如果你不s1s2但打印i捕捉单独项目,而不是,你得到的输出与分隔两个名称文件的\034字符。例如,您可以修复该问题,例如tr,但不需要这样做更简单。

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omg谢谢我,我很愚蠢...... – Rudy

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别担心;它带有练习。使用awk后30年更容易。 –