保存为循环输出与控制台中的输出不同 - R

我试图从BiodiversityR程序包中保存CAPdiscrim函数的分类成功率。为CAPdiscrim（https://www.rdocumentation.org/packages/BiodiversityR/versions/2.7-2/topics/CAPdiscrim）暗角提供了有关如何获取分类成功率为例：保存为循环输出与控制台中的输出不同 - R

library(BiodiversityR) 
library(vegan) 
library(MASS) 
data(dune) 
data(dune.env) 

for (mseq in 1:14) { 
    CAPdiscrim.result <- CAPdiscrim(dune~Management, data=dune.env, 
     dist="bray", axes=2, m=mseq) 
}

这会自动打印在控制台例如分类结果的百分比。

Overall classification success: 40 percent 
BF (n=3) correct: 0 percent 
HF (n=5) correct: 40 percent 
NM (n=6) correct: 33.3333333333333 percent 
SF (n=6) correct: 66.6666666666667 percent

然而调用循环外CAPdiscrim.result对象时，它产生实际CAPdiscrim结果，如（str(CAPdiscrim.result））。

List of 14 
$ PCoA  : num [1:20, 1:2] -0.3547 -0.2946 -0.0728 -0.0693 -0.3071 ... 
    ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 
    .. ..$ : chr [1:20] "1" "2" "3" "4" ... 
    .. ..$ : NULL 
$ m   : int 14 
$ tot   : num 4.3 
$ varm  : num 107 
$ group  : Factor w/ 4 levels "BF","HF","NM",..: 4 1 4 4 2 2 2 2 2 1 ... 
$ CV   : Factor w/ 4 levels "BF","HF","NM",..: 1 2 4 4 3 2 2 1 1 2 ... 
$ percent  : num 40 
$ x   : num [1:20, 1:3] 7.64 0.18 9.43 8.88 -1.93 ...

等等，等等

我觉得我已经想尽一切办法保存在运行for loop的时间打印在控制台中精确的输出。我已尝试创建空的list s，空^s，绑定结果。我只是不知道如何存储它！任何帮助将不胜感激。

来源

2017-04-12 J.Con

该代码应该可重现吗？是的，我只想保存这些字符串。即使它被覆盖，我也可以单独获取最后一个字符串。但是我得到的是实际的CAPdiscrim结果，即整个统计输出。 –

对不起，这是可重复的。我有一个不同的错误，我误解了。 – MrFlick

这些字符串在函数调用期间通过cat()写出到控制台。如果您想要获取这些值，请使用capture.output。例如，

myout<-lapply(1:14, function(mseq) { 
    msg <- capture.output(
     CAPdiscrim.result <- CAPdiscrim(dune~Management, data=dune.env, 
     dist="bray", axes=2, m=mseq), 
    type="output") 
    list(msg=msg, result=CAPdiscrim.result) 
})

这将捕获列表中的结果和字符串。您可以通过

myout[[1]]$msg

例如。

来源

2017-04-12 03:31:53 MrFlick

非常感谢，这真是太棒了。 –

for循环将只保留mseq值的最后一个CAPdiscrim.result，同时覆盖循环中的前13个结果。

反而失去他们的，使用lapply代替

CAPdiscrim.result <- lapply(1:14, function(mseq){ 
        CAPdiscrim(dune~Management, data=dune.env, 
        dist="bray", axes=2, m=mseq) 
        })

这将产生14笔，每次每个MSEQ值的列表。

如果您感兴趣的是分类成功的控制台输出，那么最简单的方法就是将控制台输出作为文本文件下沉。

sink("output_text.txt") 
for (mseq in 1:14) { 
     CAPdiscrim.result <- CAPdiscrim(dune~Management, data=dune.env, 
           dist="bray", axes=2, m=mseq) 
     } 
sink()

来源

2017-04-12 03:28:16

非常感谢。我将其他答案标记为正确，因为我可以继续以这种方式操作R中的数据。欢呼声 –

保存为循环输出与控制台中的输出不同 - R

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