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计算gc内容并打印最大gc内容及其密钥

第9行显示错误“列表分配索引超出范围” 我必须获取具有最大gc内容的密钥并打印gc内容值与关键一起。 这只是我正在做的一个示例，而问题可能包含2个以上的序列。 d={"fff":'TTAGCCGAATTTGGC',"ddd":'TGATACTAGCGTAG'} b=[] a=[] i=0 for key in d: h=len(d[key]) t=d[key].coun

python string bioinformatics fasta rosalind 2015-02-24

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部分摘要算法（PDP）

我想实现部分摘要问题，该算法在第35-36页的pdf https://cise.ufl.edu/class/cap5515sp10/Ch04_DNA_mapping.pdf中给出。在随后的页面中给出了一个例子。 我无法得到正确的答案。 我得到的X值是[0，10，8，3，6]，然后递归以“不好”停止。 可能是我不明白的算法或别的东西？ width = 0 def partialDigest(L)

python-2.7 bioinformatics rosalind 2016-07-07

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正则表达式 - 在一个字符串中多次匹配

我想在'NNTSY`上做一个正则表达式搜索，这样我就可以得到两个匹配。 NNTS NTSY 当我试图使用模式?<NGrlyosylation>N[^P][ST][^P])"匹配，我只得到一个匹配，这是NNTS。 如何使用正则表达式匹配NNTSY以便找到两个匹配项？ 注意：背景信息：Rosalind问题可以找到here。 这是我的代码。 input = "NNTSY"; Regex r

c# regex rosalind 2016-05-22

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为什么我在试图删除时不断收到索引错误，当用字符替换时工作正常？

编程newb/python newb，我的工作超级要求不高，所以我发现很多空闲时间来教我自己如何编写代码。 我在工作this rosalind.info问题。 这是到目前为止我的代码： # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Thu Jan 21 09:01:51 2016 @author: aseyedian """ codon = '' q

python rosalind 2016-02-25

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运行时间太长，对于GC偏斜

我目前正在研究分析偏斜差异的脚本。不幸的是，我的问题是，当字符串的长度增加时，运行时间变得太长，我似乎无法计算出我的答案。 def SkewGC(file): countG = 0 countC = 0 diffGtoC = "" # first, we need to find number of G's. # the idea is, if G

rosalind 2016-07-26

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Python：多重共有序列

从dna序列列表开始，我必须返回所有可能的共有序列（得到的每个位置中具有最高核苷酸频率的 序列）序列。如果在某些位置核苷酸具有相同的最高频率，我必须获得具有最高频率的所有可能组合。 我也必须返回剖面矩阵（矩阵与每个序列的每个核苷酸的频率）。 这是到目前为止我的代码（但只返回一个共有序列）： seqList = ['TTCAAGCT','TGGCAACT','TTGGATCT','TAGCAACC'

python bioinformatics rosalind 2016-07-26

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Rosalind共识和个人档案python

我正在Rosalind生物信息学网站（http://rosalind.info/problems/cons/）上处理“Consensus nd Profile”问题。我使用网站上的示例输入尝试了我的代码，输出与示例输出相匹配。但是当我尝试更大的数据集时，网站表示我的输出是错误的。有人能帮我确定我的问题在哪里吗？谢谢！ 样品输入： >Rosalind_1 ATCCAGCT >Rosalind_2

python python-2.7 bioinformatics rosalind 2016-07-26

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Rosalind：OCaml中的重叠图形

如何解决Rosalind上的重叠图形问题？ http://rosalind.info/problems/grph/

ocaml rosalind 2015-11-22

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罗莎琳德共识和档案

我想从这里http://rosalind.info/problems/cons/ 我的剧本充满计数器列表和输出相同长度的字符串共识解决这个问题。我不认为有数学或指标错误发生，并且遇到了困难。我的代码： with open('C:/users/steph/downloads/rosalind_cons (3).txt') as f: seqs = f.read().splitlines()

python bioinformatics consensus rosalind 2016-11-09

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Rosalind模式匹配Java不接受

我能够测试下面给出的示例输入数据的代码，并且能够成功验证。 http://rosalind.info/problems/1c/ 但不知何故，为我下载任何数据集，答案是不被该网站所接受。我不确定如果我错过了一些东西。 我正在使用朴素的indexOf函数。不知道是否真的需要KMP，除非输入字符串非常大。 import java.util.*; import java.lang.*; import

java pattern-matching rosalind 2014-12-21

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