进程替换

我给看看周围什么困扰我，我才发现这一点： Do some programs not accept process substitution for input files?进程替换

这部分帮助，但我真的想了解完整的故事。我注意到当我使用进程替换时，一些R脚本给出了不同的（即错误的）结果。

我试图与一个测试用例以查明问题：

这个脚本：

#!/usr/bin/Rscript 

args <- commandArgs(TRUE) 
file <-args[1] 
cat(file) 
cat("\n") 
data <- read.table(file, header=F) 
cat(mean(data$V1)) 
cat("\n")

以这种方式生成的输入文件：

$ for i in `seq 1 10`; do echo $i >> p; done 
$ for i in `seq 1 500`; do cat p >> test; done

使我这个：

$ ./mean.R test 
test 
5.5 

$ ./mean.R <(cat test) 
/dev/fd/63 
5.501476

进一步的测试表明，一些线路丢失了......但我想明白为什么。 read.table（扫描结果是否相同）使用seek？

诗篇。具有较小测试文件中报告（100）的错误：

$./mean.R <(cat test3) 
/dev/fd/63 
Error in read.table(file, header = F) : no lines available in input 
Execution halted

添加＃1：与使用扫描结果是相同的一个修改后的脚本。

来源

2013-04-03 vodka

'read.table'可能会窥探文件以确定列格式，然后在回溯到开始时失败。（只是疯狂的猜测）如果你的R脚本中有'cat（head（data $ V1））'，会发生什么？ – krlmlr

在进程重定向的情况下给出'2 3 4 5 6 7'，而不是'1 2 3 4 5 6'。打印整个数据框给5001条没有它（正确）的行，在另一个情况下为3050条。我也认为寻求可能是问题，但是......它不应该报告错误而不是继续使用部分数据吗？ – vodka

在文件中上下移动肯定是问题：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2007-September/141769.html但我仍然认为应该报告一个错误，也许我会填写一个错误。我仍然需要调查扫描是否也发生了同样的情况（这给了我和read.table一样的错误结果）。 – vodka

我写了这个通用功能打开我自己的脚本文件的连接：

OpenRead <- function(arg) { 

    if (arg %in% c("-", "/dev/stdin")) { 
     file("stdin", open = "r") 
    } else if (grepl("^/dev/fd/", arg)) { 
     fifo(arg, open = "r") 
    } else { 
     file(arg, open = "r") 
    } 
}

在代码中，替换file与file <- OpenRead(file)，它应该处理所有的如下：

./mean.R test 
./mean.R <(cat test) 
cat test | ./mean.R - 
cat test | ./foo.R /dev/stdin

来源

2013-04-03 11:14:14 flodel

是的，这是有效的（事实上，我注意到使用“/ dev/stdin”的问题，并在前一段时间切换到“stdin”）。我仍然认为这可能会被视为R中的一个错误，尽管... – vodka

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