如何在Linux集群中安装R包

我从我的大学获得了集群帐户，并且在Linux集群（redhat 2.6.18-128.el5）中安装了R 2.13.0，但我无法安装r软件包。我试了下面的代码如何在Linux集群中安装R包

install.packages('plyr')我选择了CRAN镜像为1.然后我得到以下消息。

警告：无法访问储存库 http://cran.ms.unimelb.edu.au/src/contrib警告消息索引：1：在 open.connection（CON， “R”）：无法解决 'cran.r-project.org' 2：在getDependencies（PKGS，依赖关系，可用的，LIB）：包 'plyr' 不可用（对于R版本2.13.0）

现在我由本地lib并试过

mkdir ~/R_libs 
install.packages("lattice",repos="http://cran.r-project.org", lib="~/R_libs/")

然后再次警告

警告：无法为存储库访问索引 http://cran.r-project.org/src/contrib警告消息：在 getDependencies（PKGS，依赖的，可用的LIB）：包 '格' 不是可用（对于R版本2.13.0）

我下载了软件包，并上传到群集中。是否有可能从那里安装？

我没有任何sudoers权限（管理员权限）。群集有32个节点。

编辑： 我上传了car_2.1-0.zip到集群并尝试了以下代码。

R CMD INSTALL car_2.1-0.zip -l /R_libs

但我得到的响应如下所示

错误rawToChar（嵌段[seq_len（NS）]）：嵌入的NUL在字符串： “PK \ 003 \ 004 \ n \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ xef3ZG \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 004 \ 0 \ 0 \ 0car/PK \ 003 \ 004 \ 024 \ 0 \ 002 \ 0 \ b \ 0 \ xe03ZGn \的Xaa \ XF3 \ x90Q \ 001 \ 0 \ 0 \ XA2 \ 002 \ 0 \ 0 \˚F\ 0 \ 0 \ 0car /现有\ x9dR \ xc1j \ 0021 \ 020 E'

有没有什么办法可以克服这个问题？谢谢

来源

2015-11-12 bibinwilson

你有没有通过集群上网吗？ – N311V

是的。我想是这样的（我正在通过笔记本电脑访问它）。我怎么能符合它？ – bibinwilson

您可以通过ssh（Putty）访问集群，但仍然无法访问Internet。此外，该zip文件可能是Windows版本而不是Linux。尝试从命令行输入'wget https：// cran.r-project.org/src/contrib/car_2.1-0.tar.gz'，如果您有互联网访问权限，它会下载正确的文件。一石二鸟。 – N311V

非常感谢您提供我的问题的详细信息作为评论。让我在这里总结所有这些信息。

而不是乞求你的系统管理员的，最好遵循以下程序

步骤1：https://cran.r-project.org/sources.html(i下载R-3.2.2）

第2步：从以下链接下载最新版本的R ：将其上传到您的群集（我在Windows 8中使用WinSCP。1）

步骤3：在我的情况下，使用下面的命令tar -xf R-x.y.z.tar.gz

它解其tar -xf R-3.2.2.tar.gz

步骤4：使用的代码去那个目录cd R-3.2.2

步骤5：式./configure或./configure --enable -r-shlib & & make

第6步：配置完成后，键入make

第7步：然后检查内置系统正常工作由make check

享受！

来源

2015-11-15 17:20:58 bibinwilson

module load R

（说这是群集上的R，所以现在它是你的道路上，你可以通过键入r，输入）

export R_LIBS_USER=$HOME/apps/R:$R_LIBS_USER

（你还是在Linux命令行，不R中还）

（现在你进入R）

install.packages("packagename")

做得好，它将包安装到HOME /应用/ R

library(packagename)

（尝试一下，看看它的工作）

来源

2017-06-19 20:43:04 DragonRider

如何在Linux集群中安装R包

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