统计r中数据帧的出现

我有一个数据帧200列，每列包含150个基因（行）。统计r中数据帧的出现

我要计数的出现次数每个基因在整个数据帧

mydat <- 

    V1  V2  V3  V4  V5  V6  V7  V8 
1 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 
2 MAML2 MAML2 MAML2  MAML2 MAML2 MAML2  MAML2 MAML2 
3 BMPR2 EIF5A WRAP53 WRAP53 EIF5A EIF5A  EIF5A EIF5A 
4 EIF5A BMPR2 EIF5A  EIF5A ADAMTSL3 BMPR2  WRAP53 BMPR2 
5 EIF5AL1 WRAP53 ADAMTSL3 BMPR2 BMPR2 WRAP53 BMPR2 EIF5AL1 
6 WRAP53 EIF5AL1 BMPR2  ADAMTSL3 WRAP53 EIF5AL1 EIF5AL1 WRAP53 
7 TBC1D5 ADAMTSL3 EIF5AL1 EIF5AL1 EIF5AL1 ADAMTSL3 ADAMTSL3 C1QTNF7 
8 ADAMTSL3 C1QTNF7 C1QTNF7 C1QTNF7 FHL1  YAP1  AURKB ADAMTSL3 
9 C1QTNF7 FHL1  RGS7BP LIFR  C1QTNF7 TMEM43 C1QTNF7 LIFR 
10 AURKB RGS5  AURKB  FAM198B AURKB C1QTNF7 PSMB6 PDGFD

所以，我所要的输出是这样的：

occurences 
TGFBR2: 8 
MALM2 : 8 
FHL1: 3

等，但我想统计数据帧中的每个基因。

我该怎么做？

来源

2014-11-17 kimmie

包裹代码提示由@CathG和@Sven通过'as.data.frame（...）'，你将会看到一个漂亮的数据框。 – KFB

尝试

occurences<-table(unlist(mydat))

（我分配的结果，所以你没有得到基因名称的全屏等各个基因的occurence可以通过occurences["genename"]访问）

来源

2014-11-17 09:16:54 Cath

table(unlist(mydat))

将做的伎俩。

ADAMTSL3 AURKB BMPR2 C1QTNF7 EIF5A EIF5AL1 MAML2 TBC1D5 
     8  4  8  8  8  8  8  1 
    TGFBR2 WRAP53  FHL1  RGS5 RGS7BP FAM198B  LIFR TMEM43 
     8  8  2  1  1  1  2  1 
    YAP1 PSMB6 PDGFD 
     1  1  1

来源

2014-11-17 09:16:34

@ kimmie这有点奇怪。你有两个使用相同代码的答案，但你在某个时候接受了一个答案，然后更改为另一个答案。不幸的是，谁发布第一个不明确在这里... ... – akrun

CathG答案已经写了解释，因此优越。 –

统计r中数据帧的出现

回答

相关问题