使用prcomp在R中的RNA序列的PCA

Question

我想知道是否需要在R中对我的样本进行PCA转置数据。我正在使用内置函数prcomp（）。我的数据集是RNA seq表达数据，列是样本，行是基因表达。它看起来有效，但是对行/列应该有什么共识？谢谢！

Answer 1

大多数生物统计R包通过转置数据帧来完成此操作。我会给你一个证明：

RUV SVD因子分解法在RNA-Seq中很常见。看它的源代码：

https://github.com/drisso/RUVSeq/blob/master/R/RUVg-methods.R

if(isLog) { 
    Y <- t(x) 
} else { 
    Y <- t(log(x+epsilon)) 
} 

x是基因矩阵表。你看到转置操作吗？后来在代码中，程序包将转置矩阵（Y）赋予svd函数。

svdWa <- svd(...) 

为了使生活和其他人更容易，你可以把它放到你的列基因和样品中的行。