使用lapply将函数应用于列表中的多个数据框时出现错误消息。

我的数据集看起来像这样，我有一个数据列表。使用lapply将函数应用于列表中的多个数据框时出现错误消息。

Plot_ID Canopy_infection_rate DAI 
1 YO01 5      7 
2 YO01 8      14 
3 YO01 10     21

我想要做的是将一个名为“audpc_Canopyinfactionrate”的函数应用于数据框列表。

然而，当我运行lapply，我得到一个错误如下：

Error in FUN(X[[i]], ...) : argument "DAI" is missing, with no default

我检查了我的列表，我的数据不会偏移列。

有谁知道它有什么问题吗？由于

这里是我的代码部分：

#Read files in to list 

for(i in 1:length(files)) { 
    lst[[i]] <- read.delim(files[i], header = TRUE, sep=" ") 
} 

#Apply a function to the list 
densities <- list() 
densities<- lapply(lst, audpc_Canopyinfactionrate) 

#canopy infection rate 
audpc_Canopyinfactionrate <- function(Canopy_infection_rate,DAI){ 
    n <- length(DAI) 
    meanvec <- matrix(-1,(n-1)) 
    intvec <- matrix(-1,(n-1)) 
    for(i in 1:(n-1)){ 
    meanvec[i] <- mean(c(Canopy_infection_rate[i], 
         Canopy_infection_rate[i+1])) 
    intvec[i] <- DAI[i+1] - DAI[i] 
    } 

    infprod <- meanvec * intvec 
    sum(infprod) 

}

来源

2017-09-19 Helen

您没有为'audpc_Canopyinfactionrate（）'函数的'DAI ='参数指定一个值。因此，错误消息：*参数“DAI”丢失，没有默认*。实际上，它看起来并不像你已经传递了该函数的任何参数。 – thelatemail

谢谢。这实际上是来自农业的功能。如果我像这样运行单个数据框：audpc_Canopyinfactionrate（X17YO1001 $'Canopy_infection_rate'，X17YO1001 $'DAI'）。它工作正常。 – Helen

功能的来源在这里没有什么不同，我不认为。你基本上完成了'f < - function（x，y）x + y; lapply（1：3，f）' - 您需要将所有必需的参数传递给函数以避免错误 - f < - function（x，y）x + y;例如，lapply（1：3，f，y = 2：4）。 – thelatemail

正如在评论中指出，问题就出在你使用lapply的方式。

此功能是这样构建的：lapply(X, FUN, ...)。 FUN是一个函数的名称，用于将应用于data.frame/list中名为X的元素。到现在为止还挺好。

返回您的案例：您想对lst中的所有数据帧应用功能audpc_Canopyinfactionrate()。这个函数有两个参数。我认为这是代码中混淆的东西。请确保您了解以您使用的方式lapply，您使用lst[[1]],lst[[2]]等作为只有参数audpc_Canopyinfactionrate()，而它实际上需要两个参数！

如果重新制定你的函数一点，你可以使用lst[[1]]，lst[[2]]作为唯一的参数传递给你的函数，因为你知道这样的说法包含了你所需要的列 - Canopy_infection_rate和DAI：

audpc_Canopyinfactionrate <- function(df){ 
    n <- nrow(df) 
    meanvec <- matrix(-1, (n-1)) 
    intvec <- matrix(-1, (n-1)) 
    for(i in 1:(n-1)){ 
    meanvec[i] <- mean(c(df$Canopy_infection_rate[i], 
         df$Canopy_infection_rate[i+1])) 
    intvec[i] <- df$DAI[i+1] - df$DAI[i] 
    } 

    infprod <- meanvec * intvec 
    return(sum(infprod))  
}

呼叫lapply以下列方式：

lapply(lst, audpc_Canopyinfactionrate)

注意：lapply也可以用w^ith多于1个参数，通过使用lapply(X, FUN, ...)中的...。不过，就你而言，我认为这不是最好的选择。

来源

2017-09-19 09:28:09

感谢您的回复。这工作！ – Helen

使用lapply将函数应用于列表中的多个数据框时出现错误消息。

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