LD_LIBRARY_PATH和PBS作业

Question

我正在进行ROMS建模。我只是在Linux群集上安装了Openmpi。我也相应地调整了LD_LIBRARY_PATH。我现在面临着一个独特的问题。

当我从bash shell给mpirun -np 4 ./oceanG ocean.in时，它运行的模型很好。但是，批处理文件中的相同命令无法将./oceanG链接到netcdff5.so。

我收到以下错误消息。

./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享目标文件：没有这样的文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享目标文件：没有这样的文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享目标文件：没有这样的文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff。 so.5的：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录

我PBS文件他的如下

#!/bin/bash 
#$ -N Upwelling_test 
#$-l qname=long_4.q 
#$ -cwd 
#$ -pe mpich 4 
LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/openmpi/lib:/opt/intel/netcdf4.1.3/lib:/opt/intel/Compiler/11.0/081/lib/intel64: 
/opt/intel/openmpi/bin/mpirun -np 4 ./oceanG ocean.in 

寻找这个奇怪的解决方案

Answer 1

您应该尝试在LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/...之前加入export。

如果没有export关键字，脚本中设置的变量将不会传递到脚本启动的任何进程。