管道多个文件到$变量

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我试图通过各种线程在线排序，并且无法确定如何将输出管道输送到后续命令。我正在使用批处理脚本（通过bash）通过独立程序连接多个文件，这需要输入为特定格式。

在程序中级联的标准命令是：

fslmerge -t $OUTPUT $INPUT1 $INPUT2... $INPUT n

我已经尝试了几种方法来定义输入文件，与下面的最近一次尝试。

file=$INPUTDIR/sublist.txt 
    while read -r SUBJ; do 

for cond in "med" "nomed"; do 

for n in {01..10}; do 

INPUT="stage2_${SUBJ}_${cond}_00${n}.nii.gz" 

fslmerge -t $OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz `ls $INPUTDIR/$INPUT` 

done; done; done < $file

然而，这导致在运行上的每个输入的命令分别对所有输入上运行命令（如上面在“标准命令”指出）：

fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject1 
fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject2 
... 
fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject10

编辑：的sublist.txt列出如下。它们按顺序堆叠，我需要它们通过fslmerge连接起来。

SUB003 
SUB006 
SUB007 
SUB010 
SUB011 
SUB001 
SUB004 
SUB008 
SUB009

对于每个条件（med，no med），每个主题都有多个组件（n）。最终，我需要运行该命令，以便连接给定条件和组件的所有主题。一个例子是：

fslmerge -t $OUTDIR/stage2_ic0001_med.nii.gz stage2_SUB003_med_0001.nii.gz stage2_SUB006_med_0001.nii.gz stage2_SUB007_med_0001.nii.gz ... stage2_SUB009_med_0001.nii.gz

我会非常感谢任何输入的问题和/或简化方法！我在编码方面比较新，对任何术语错误都表示真诚的歉意。我意识到我的尝试可能严重脱离这个世界。

来源

2017-01-12 edub

你能澄清你想要它做什么吗？特别是，它应该在sublist.txt中为每一行运行'fslmerge'，或者每行运行两次（一次使用cond =“med”，一次使用cond =“nomed”），或者二十次（每次组合一次cond和n）？如果是最后一个，那么输入文件是什么（你似乎只显示每个SUBJ/cond/n组合的一个输入）;如果它不是最后一个，输出文件应该是什么（你似乎显示cond，而n是文件名的一部分）。 –

一般的想法是将所有输入文件名添加到数组中，然后使用'“$ {array [@]}”'把它们全部放在命令的末尾。但我也不明白你想怎么做，因为你的输出文件对于每个输入文件都是不同的。 – Barmar

嗨戈登，非常感谢您的帮助！你的问题非常好，我认为这是我搞乱的地方，并且一直对如何进行感到困惑。这是你给出的最后一个例子：每个主题（SUBJ）有两个条件（med，no med）。对于每个条件，每个主题都有多个组件文件（n）。 – edub

如果我的理解正确，您希望为每个cond/n组合运行命令，并合并所有主题（即sublist.txt中列出的所有人）的输入文件。是对的吗？如果是的话，我会做的是所有科目存储在数组中，然后使用该数组生成输入文件的列表中为每个主题：

subjectsfile=$INPUTDIR/sublist.txt 
subjects=() 
inputfileprefixes=() 
while read -r subj; do 
    subjects+=("$subj") # this isn't really needed, since we don't use the list directly. 
    inputfileprefixes+=("$INPUTDIR/stage2_$subj") 
done <"$subjectsfile" 

for cond in "med" "nomed"; do 
    for n in {1..20}; do 
     fslmerge -t "$OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz" "${inputfileprefixes[@]/%/_${cond}_00${n}.nii.gz}" 
    done 
done

这里有一些略重阵挂羊头卖狗肉。像"${arrayname[@]/%/something}"这样的东西需要一个数组，并在每个元素的末尾粘贴“某物”。所以说主题是“爱丽丝”，“鲍勃”和“塞西尔”，INPUTDIR是“/某些/路径”。然后subjects被设置为("alice" "bob" "cecil"),inputfileprefixes被设置为("/some/path/stage2_alice" "/some/path/stage2_bob" "/some/path/stage2_cecil")，并且对于每个cond/n组合，它在适当的后缀上粘贴并将该列表传递给fslmerge，所以命令如fslmerge -t $OUTPUT/stage2_ic001_med.nii.gz /some/path/stage2_alice_med_001.nii.gz /some/path/stage2_bob_med_001.nii.gz /some/path/stage2_cecil_med_001.nii.gz那样出现。

警告：这没有完全测试，我不完全确定我理解这个问题的权利。在执行此操作前备份一切重要的东西，以防它做一些愚蠢的事情。顺便说一下，我建议不要使用全大写的变量名（有些是保留的，你会错误地使用其中的一个，奇怪的事情会发生）。另外，在变量的值包含空格或其他shell元字符的情况下，对包含变量扩展的字符串进行双引号是个好主意（就像我在"$OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz"中所做的那样）。

来源

2017-01-13 00:15:33

难道你不能直接在第一个循环中执行'inputfileprefixes + =（“$ INPUTDIR/stage2_ $ subj”）'吗？ – melpomene

@melpomene：好主意;编辑来... –

@戈登：非常感谢！这很好，我真的很感谢你抽出时间来解释一切，特别是我似乎很难解释这个问题。干杯! :) – edub

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