biopython安装测试失败：ERROR：test_fetch_xml_schemas（test_Entrez_online.EntrezOnlineCase）

Question

我试图测试biopython的我的Mac上安装和使用这个命令：

$ sudo python3 setup.py test 

一切都只是此错误消息罚款：

ERROR: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online.EntrezOnlineCase) 
Traceback (most recent call last): 
    File "/Users/zhouyang/biopython/Tests/test_Entrez_online.py", line 205, in test_fetch_xml_schemas 
     records = list(Entrez.parse(handle)) 
    File "/Users/zhouyang/biopython/build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/Bio/Entrez/Parser.py", line 267, in parse 
     raise CorruptedXMLError("Premature end of XML stream") 
Bio.Entrez.Parser.CorruptedXMLError: Failed to parse the XML data (Premature end of XML stream). Please make sure that the input data are not corrupted. 

此外，在测试过程中，这些结果显示test_Entrez.online失败。

test_Entrez ... ok 
test_Entrez_online ... FAIL 
test_Entrez_parser ... ok 
test_Enzyme ... ok 

我使用的是OS X EI Capitan的10.11.6在Mac上，我有蟒蛇2.7和3.5.2安装和安装biopython和相关包时运行python3。

任何想法发生了什么问题？

Answer 1

我不会在乎那个错误。此测试尝试连接到Entrez服务器并从那里获取某些内容，然后检查下载的数据是否一切正常。对于与您的安装无关的一千个原因，它可能在从NCBI获取XML时失败。

如果您可以使用脚本中的Bio.Entrez.efetch()函数，那么一切都很好。