在KeyError异常所得创建嵌套字典

def pi_drug_target(graph, node): 
    pi_to_drug_nodes = P.neighbors(node) 
    nghr_targets = {} 

    for pi_drug in pi_to_drug_nodes: 
     nghr_targets[pi_drug] = {} 
     nghr_targets[pi_drug]['treated with'] = [] 

     if B.has_node(pi_drug): 
      drug_target = B.neighbors(pi_drug) 

     for targets in drug_target: 
      nghr_targets[pi_drug]['treated with'].append(targets) 
      nghr_targets[targets]['treated with']['neighbors with'] = [] 

      if G.has_node(targets): 
       gg_nodes = G.neighbors(targets) 
       for ggn in gg_nodes: 

        if G.has_node(ggn): 
         nghr_targets[pi_drug]['treated with']['neighbors with'].append(ggn) 
    return(nghr_targets) 

KeyError         Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-45-54c0755520e2> in <module>() 
    ----> 1 pi_drug_target(P, 'DO218719') 

<ipython-input-42-22f6ce132dca> in pi_drug_target(graph, node) 
12    for targets in drug_target: 
13     nghr_targets[pi_drug]['is treated with'].append(targets) 
---> 14     nghr_targets[targets]['treated with']['Gene neighbors with'] = [] 
15 
16     if G.has_node(targets): 

KeyError: 'CYP19A1'

我有3个networkx图形P，B，和G我想创建一个函数，其中，当我输入P中图形中的节点，它会找到给定节点的邻居节点。然后，遍历这些邻居，并在另一个图（B）中找到它的邻居。然后，循环遍历在 B图中找到的邻居，并在另一个图（G）中再次找到邻居。我想创建一个嵌套的字典，将节点显示为键和邻居作为值。这是我创建的代码，但即使检查节点确实存在于图中，我也会得到此KeyError。在KeyError异常所得创建嵌套字典

我刚开始编程和使用networkx。所以，任何帮助表示赞赏！谢谢！

来源

2017-07-30 hsy_99

在主for循环的开始处，您有：nghr_targets[pi_drug] = {}。

让我们第一次跟踪该循环。您为nghr_targets初始化的所有值为pi_drug。但是，您可以使用nghr_targets和密钥targets。如果有任何targets不是pi_drug，那么通过它的第一次必须失败。

在贯穿整个循环之前首先进行初始化。或者更好，使用defaultdict。

来源

2017-07-30 05:02:59 Joel

谢谢！还没有与defaultdict工作，所以我根据你的建议初始化之前先循环和它的工作！ –

在KeyError异常所得创建嵌套字典

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