matlab使用我自己的距离函数pdist

Question

我有一个简单的函数来计算两个向量之间的距离，例如距离=点积/两个向量中元素的总和。

function d = simpleDistance(a,b) 
    d = dot(a,b)/ (sum(a) + sum(b)); 
    end 

例如：simpleDistance([1 2], [3 4]) = (3 + 8)/(3 + 7) = 11/10 = 1.1

鉴于这种小矩阵R，我要计算在r中每两排之间的相似性（距离= simpleDistance）

r = 
1  2 
5  0 
3  4 

代替两个嵌套循环，我想使用pdist函数，因为它更快捷！

n = size(r,1); 
dist = squareform(pdist(r,@simpleDistance)); % distance matrix 
dist(1:n+1:end) = inf; % self-distance doesn't count 

不过，我得到这个错误

Error using pdist (line 373) 
Error evaluating distance function 'simpleDistance'. 

Caused by: 
    Error using dot (line 34) 
    A and B must be same size. 

为矩阵R之上，我预计DIST矩阵是

dist =  
      Inf  0.625   1.1 
     0.625   Inf   1.25 
      1.1   1.25   Inf 

注：循环或填充基质后，我补与inf对角线值，因为我不关心从一行到它自己的距离。

Answer 1

传递给pdist函数必须采取

作为参数1乘n矢量XI，对应于X的单排，和一平方米乘n矩阵XJ，对应于多个X. distfun的行必须接受具有任意数量行的矩阵XJ。 distfun必须返回距离D2，其第k个元素是XI和XJ（k之间的距离的M2-1向量，:)

所以：

d = sum(bsxfun(@times,a,b),2) ./ (sum(a,2) + sum(b,2));