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任何有关为什么我会收到错误在TCGABiolinks中运行标准化步骤?TCGABiolinks错误:名称(y)< - 1:长度(y):'名称'属性[2]中的错误长度必须与向量[0]的长度相同
任何有关为什么我会收到错误在TCGABiolinks中运行标准化步骤?TCGABiolinks错误:名称(y)< - 1:长度(y):'名称'属性[2]中的错误长度必须与向量[0]的长度相同
对我来说,原因是我第一次提供了错误的geneInfo
数据。在我的数据集中,我有在geneInfo
数据集中未使用的Ensemble ID(只需在R中输入“geneInfo”,您将看到带有基因ID的表格)。
但是,TCGAbiolinks
为HTSeq-Counts提供了geneInfoHT
数据集 - 此工作适用于我。我的最后一个命令是这样的:
dataNorm <- TCGAanalyze_Normalization(tabDF = data1, geneInfoHT)
你的一些数据显示为空。 –
这不是空的,用于分析ht-counts数据的bioconductor代码是有缺陷的。 – Kimberly