重新定义的函数在R包

我试图修改和通过首先定义一个函数重新定义的函数在R包

my.xcmsRaw <- function(filename, profstep = 1, profmethod = "bin", 
        profparam = list(mzcorrf=1), # PATCH - mzcorrf is the m/z correction factor, e.g. 0.99888 for long-chain hydrocarbons 
        includeMSn = FALSE, mslevel=NULL, 
        scanrange=NULL) { ... }

然后键入

unlockBinding("xcmsRaw", as.environment("package:xcms")) 
assign("xcmsRaw", my.xcmsRaw, as.environment("package:xcms")) 
lockBinding("xcmsRaw", as.environment("package:xcms"))

然而，当重新定义中的R包。LCMS一个函数（xcmsRaw）我运行它，它给我造成它没有找到profBinM功能，这是一个C代码本功能的错误

Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) : 
    object 'profBinM' of mode 'function' was not found

在xcms软件包的文件xcms.c中定义。

有关如何解决此问题的任何想法？（我的工作在Windows 7下，，使用R版本3.0.0）

来源

2013-05-01 Tom Wenseleers

您是否尝试过'assignInNamespace（）'，例如[this example]（http://stackoverflow.com/questions/15505607/diagonal-labels-orientation-上x轴合热图/ 15506652＃15506652）？在你的情况下，你会使用'assignInNamespace（x =“xcmsRaw”，value =“my.xcmsRaw”，ns = asNamespace（“xcms”））''。 – 2013-05-01 12:18:33

感谢您的建议，只是试过，但它仍然给我同样的错误不幸... – 2013-05-01 12:21:16

有趣的。只是要精确/清楚，'profBinM（）'是一个R函数包装一个C函数。 – 2013-05-01 12:30:41

感谢约什 - 在我的情况下，我得到了它现在可以通过

modifline='if ((profparam$mzcorrf!=1)&length(unique(rawdata$mz - trunc(rawdata$mz)))!=1) {rawdata$mz=rawdata$mz*profparam$mzcorrf} else if (profparam$mzcorrf!=1) {print("Exact masses were already rounded to nominal masses");profparam$mzcorrf=1}' 
insertatline=6 
trace(xcmsRaw, tracer=modifline,at=c(insertatline))

工作在那里我找到了正确的路线使用插入我的修改后的代码

as.list(body(xcmsRaw))

为了抑制然后我限定的第二函数

xcmsRaw2=function(...) {sink("NUL");obj=xcmsRaw(...);sink();return(obj) }

迹线的输出，可被调用并且不提供任何不必要的跟踪输出。

尽管如此，通过assignInNamespace（）也可以很好地工作，因为这样可以实现更广泛的编辑/重定义以及函数参数的更改（这将是重新定义函数的常见原因，即，采取一些额外的论据）...

来源

2013-05-01 13:17:17

太棒了！我同意，这感觉像一个黑客，但它的概率。直到你找到更灵活/优雅的解决方案之前，它总比没有好。 – 2013-05-01 13:18:22

是的，这是对的 - 再次感谢您的时间和帮助！ – 2013-05-01 13:19:35

哦，是的，是否有任何方法可以抑制跟踪输出？现在每次我调用xcmsRaw时，它都会打印出“跟踪xcmsRaw（文件[samplenr]，profstep = profst，profmethod =”bin“，....步骤6” - 但是我想要抑制这个输出。这样做？ – 2013-05-02 11:36:17

重新定义的函数在R包

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