热图聚类基于相关性R中

Question

我有一个热图，看起来像这样在R：

col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10) 
library("gplots") 
heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column") 

但后来我做了基于相关的单独聚类分析，说出来了这样的：

library(Hmisc) 
plot(varclus(qq,similarity="spearman")) 

哪有我修改了我的热图，以便聚类与我关联的聚类分析相同？我需要以某种方式修改heatmap.2函数（或可能使用不同的函数）以基于皮尔森相关性。有任何想法吗？

Answer 1

尝试

col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10) 
library("gplots") 

library(Hmisc) 
v <- varclus(qq,similarity="spearman") 

devtools::install_github('talgalili/dendextend') 
library(dendextend) 

dend <- as.dendrogram(v) # comes from dendextend. The same as as.dendrogram(v$hclust) 

heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column", Colv = dend) 

（因为QQ不存在，我不能再现图像）