2013-03-29 28 views
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我试图在采样区域的光照值上运行空间自相关(SAC)。我做了一些搜索,我发现莫兰的我(在猿包中)是用于R做SAC的常用工具。但是,我运行了代码,并且我不完全确定R是否正在做我想做的事。使用Moran.I函数的代码不破,但我输入我的变量(变换的光值):R中的空间自相关分析

Moran.I (ovenbird$ARCSINE.SQRT.TRAN, ld.dist.mat) 

我的距离矩阵(ld.dist.mat)是所有之间的距离的矩阵点(AO)在我的网格上。它看起来像这样:

 A  B  C  D  E  F  G  H  I  J K  L  M  N  O 
A 0.00 5.00 10.00 2.50 5.59 10.31 5.00 7.07 11.18 7.50 9.01 12.50 10.00 11.18 14.14 
B 5.00 0.00 5.00 5.59 2.50 5.59 11.18 5.00 11.18 9.01 7.50 9.01 11.18 10.00 11.18 
C 10.00 5.00 0.00 10.31 5.59 2.50 11.18 7.07 5.00 12.50 9.01 7.50 14.14 11.18 10.00 
D 2.50 5.59 10.31 0.00 5.00 10.00 2.50 5.59 10.31 5.00 7.07 11.18 7.50 9.01 12.50 
E 5.59 2.50 5.59 5.00 0.00 5.00 5.59 2.50 5.59 11.18 5.00 11.18 9.01 7.50 9.01 
F 10.31 5.59 2.50 10.00 5.00 0.00 10.31 5.59 2.50 11.18 7.07 5.00 12.50 11.18 7.50 
G 5.00 11.18 11.18 2.50 5.59 10.31 0.00 5.00 10.00 2.50 5.59 10.31 5.00 7.07 11.18 
H 7.07 5.00 7.07 5.59 2.50 5.59 5.00 0.00 5.00 5.59 2.50 5.59 11.18 5.00 11.18 
I 11.18 11.18 5.00 10.31 5.59 2.50 10.00 5.00 0.00 10.31 5.59 2.50 11.18 7.07 5.00 
J 7.50 9.01 12.50 5.00 11.18 11.18 2.50 5.59 10.31 0.00 5.00 10.00 2.50 5.59 10.31 
K 9.01 7.50 9.01 7.07 5.00 7.07 5.59 2.50 5.59 5.00 0.00 5.00 5.59 2.50 5.59 
L 12.50 9.01 7.50 11.18 11.18 5.00 10.31 5.59 2.50 10.00 5.00 0.00 10.31 5.59 2.50 
M 10.00 11.18 14.14 7.50 9.01 12.50 5.00 11.18 11.18 2.50 5.59 10.31 0.00 5.00 10.00 
N 11.18 10.00 11.18 9.01 7.50 11.18 7.07 5.00 7.07 5.59 2.50 5.59 5.00 0.00 5.00 
O 14.14 11.18 10.00 12.50 9.01 7.50 11.18 11.18 5.00 10.31 5.59 2.50 10.00 5.00 0.00 

我的问题是如何知道[R在我的网格,其指向与每个光值相关联?我尝试了print(Moran.I)来解决这个问题,但自从去年秋天(2012年)以来我一直在进行编程,并且我不太了解R如何解释函数。另外,如果R没有以正确的方式识别我的灯光值,我该如何解决?

任何帮助将不胜感激。

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难道下面的帮助我的回答?如果是这样,请将其标记为选定的答案... –

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如果您可以提供包含数据的可重复示例,这将有很大帮助。这可以通过额外几行定义“虚拟”数据来完成,这些虚拟数据与您的真实数据具有相同的形状/形式。此外,[spdep软件包](http://cran.r-project.org/web/packages/spdep/index.html)可能有你正在寻找的东西。 –

回答

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您可以执行以下操作使用莫兰措施使用下面的代码来获得空间自相关全局和局部措施:

library(raster) 
r <- raster(nrows=10, ncols=10) 
r[] <- 1:ncell(r) 
Moran(r) #this is the global index of autocorrelation 
x1 <- MoranLocal(r) #local measure of autocorr as a raster object that can be plotted 
plot(x1) #this will plot the autocorrelation raster results 

对于Geary的autocorr措施:

Geary(r) #this is the global index of autocorrelation 
x1 <- GearyLocal(r) #local measure 
plot(x1) 
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这只是用一般的数值矩阵来完成的?上面列出的矩阵是一组在采集点采样的距离,而不是栅格值。你能否提供一些关于光栅包是如何执行Moran的知识?看来每个实现它的包都是针对不同的应用程序的,我没有找到适合我的目的的包。我正在查看我的站点接收到的太阳辐射,我的矩阵反映了我点之间的距离值。每个点都有一个我测量的相关光源值,我想看看光线是否在空间上发生变化。 – user2225641

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对不起,我花了一段时间回复 - 你检查了Ape包的pdf文档吗?其中规定了用于计算莫兰指数的公式(第131页)。根据我收集的数据,它通过查看一个观测值与所有其他观测值之间的值的差异来计算自相关,因此它似乎在做你想做的事情。对不起,我上面的答案,我错误地暗示你有一个底层栅格,其中包含你感兴趣的变量的所有值。 –

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我根据Gittleman和Kot(1990)的方法检查了这一点,但认为它更多地用于系统发育多样性测量。我不确定这是否合适。 我输入了我的矩阵,它给了我输出没有打破。我只是不确定它是否正确使用这些距离,因为它们实际上并不是树木距离。 – user2225641