如何用perl建立流水线

我想用perl来运行一系列的系统命令。我写了for循环如何用perl建立流水线

#!/usr/bin/perl 
use warnings; 
use strict; 
foreach my $ichr (1 .. 21){ 
    system "bedtools intersect -wb -a genes.bed -b chr$ichr.bed > Counts_chr$ichr.txt"; 
}

我不确定循环是否会提交每个命令到系统并启动下一个？我希望在开始下一个之前完成一个。（例如，完成chr1，然后启动chr2，完成chr2，然后启动chr3等）

如何确保一个命令完成，然后启动下一个命令？

来源

2013-10-30 user1007742

当你尝试过时发生了什么？ –

perldoc -f system

  Does exactly the same thing as "exec LIST", except that a fork 
      is done first and the parent process waits for the child 
      process to exit.

所以system命令将等待启动的进程来完成它继续下一个循环迭代之前。

来源

2013-10-30 12:24:29

太棒了。我有一个后续问题。这仅适用于for循环中的命令吗？如果我有两个系统命令不在for循环中，我需要等待第一个完成，然后运行第二个（基本上我想构建一个管道，并且需要第一个系统命令才能在perl提交之前完成下一个系统命令）。 – user1007742

引用给你的文档根本没有提到for循环。因此，假定所描述的行为与循环无关是合理的:-) –

当系统调用启动运行子进程时，它暂停perl进程，并且在子进程退出时它将继续。所以系统命令将被逐个处理。 –

如何用perl建立流水线

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