R Studio：Overlay heatmap

Question

我对编码非常陌生，遇到了一个问题，我无法在网上找到解决方案。

我有两个数据矩阵，我想合并成一个热图。矩阵在时间上包含细胞的红色和绿色荧光强度。我希望heatmap的颜色反映荧光强度（白色或黑色，当两者都低时，红色时红色高，绿色时绿色高时，黄色时，都低）。

从红色和绿色之间的比例创建热图与我想要的类似，但没有给出有关绝对荧光强度的任何信息。

我可以在Illustrator中创建两个单独的热图并覆盖它们，但这1.不太优雅，2.不允许我将这些单元聚合在一起，3.当在Illustrator中使颜色变得透明时，红色和绿色变成棕色而不是黄色，两种颜色都很微弱。

我现在试图总结一下我的两个值。据我所知，这只能通过创建一个RGB值来实现。但是现在我已经获得了每个时间点的RGB值，所以我无法将它们放到一个图中。

代码：

绘制比在热图：

heatmap.2(ratio_narm, 
     trace="none", 
     col = col, 
     breaks = breaks, 
     dendrogram='none', 
     Rowv="NA", 
    ) 

与（熔化）RGB数据ggplot绘制：

ggplot(data=RGB, aes(x=RGB$Timepoint, y=RGB$`Track ID`, fill=RGB$`RGB value`)) 

Answer 1

你可以按照这个方法。它会在两个矩阵中找到低值或高值并设置预定义值。

# data 
set.seed(12385) 
m1 <- matrix(runif(100),10,10) 
m2 <- matrix(runif(100),10,10) 
# thresholds 
low <- 0.2 
high <- 0.8 
# matrix with values 0 (both are low), 0.5 (both are average), 1 (both are high) 
m3 <- matrix(rep(0.5,100),10,10) 
# set the groups by filtering 
m3[ m1 < low & m2 < low ] <- 0 
m3[ m1 > high & m2 > high ] <- 1 
# low in m1, not considering m2 
m3[ m1 < low ] <- 0.75 
# or low in m1, but normal in m2 
m3[ m1 < low & (m2 > low & m2 < high) ] <- 0.75 
# ... you can define more conditions as you like 

# plot the heatmap 
heatmap.2(m3, 
      scale="none",trace="none", 
      col = c("black","grey","red","yellow"))