R heatmap.2关键颜色

Question

我正在使用heatmap.2创建热图，并对颜色键的比例有疑问。我已将log10应用于我的数据并有一些负值。但是，颜色键在0和0.3之间缩放。这个尺度从哪里来的？

library(gplots) 
scalewhitered <- colorRampPalette(c("white", "red"), space = "rgb")(255) 
heatmap.2(as.matrix(log10_normalised),Rowv=T, Colv=F,scale="none",  trace="none",labRow=rownames(log10_normalised), col=scalewhitered, xlab="", ylab="", mar=c(10,10)) 

是否有可能让所有的0值白色，然后显示非零数字（包括底片）的红色为深浅不同？非常感谢。

Answer 1

这里的想法是创建自己的色阶（基本上你必须定义颜色的范围）。您可以使用colorRampPalette从RColorBrewer包：

http://cran.r-project.org/web/packages/RColorBrewer/

看看下面的链接，他们发现了如何做到这一点的解决方案：

How to change heatmap.2 color range in R?