评估BLASTn评分的重要性？

Question

我正在运行独立的命令行blast来对许多查询序列对核苷酸的大型数据库序列进行比对。我可以修改blastn程序的命令行参数以更改各种参数，例如匹配/不匹配分数。

我在想 - 对于blastn输出的“比特分数”，比较相同查询和数据库序列但不同匹配/不匹配参数的比对的比特分数是否有意义？我试图评估爆炸如何以各种参数值表现出来，但我想确保所有事情都在正确的比较。谢谢。

Answer 1

我不清楚为什么你认为比较比分可以让你了解BLAST的表现有多好。通常的做法是，在大量的BLAST和其他对齐程序上进行的工作是基于查看本地的，未对齐的对齐，并将这些理论扩展到空隙对齐。特别地，比特得分计算如下：

S' = (lambda * S - ln(K))/ln(2) 

在上式中，K和λ是您的替换矩阵的常数，S是得分（取代和间隙分数的总和），并且S”是比特得分。这意味着您的比特分数肯定会因为改变缺口开放/缺口扩展参数而改变，这意味着您的比较无效。这是一个不幸的结果，即关于缺口排列的理论很少，所以给定系统的最优缺口分数必须凭经验来衡量。

由于比特得分不具有可比性，我建议您根据不涉及比对得分的备用数据集进行评估。例如，如果我对用于比较蛋白质序列的最佳空位开放/空位延伸参数感兴趣，我可以查看已知结构的蛋白质，并根据其能力进行比对来评估每个参数集，从而使结构有意义。这样可以避免完全比较比对分数，这是很好的，因为比较比分本身并不明显。

Answer 2

我不确定你能做到这一点。 你真的需要改变匹配/不匹配参数吗？你的目标是什么？

Answer 3

比特得分不一定是可比的。从NCBI网站上的BLAST文档：

“比特得分被归一化，这意味着即使使用了不同的得分矩阵，也可以比较来自不同比对的比特得分。”

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=handbook&part=ch16