snakemake是用于处理输出中介工作流程的正确工具

Question

我是新手，尝试使用snakemake（上周左右），以便处理较少的工作流细节，以前我编写了自己的特定工作流程通过python。

我生成了一个小工作流程，其中的步骤之间将使用Illumina PE读取并运行Kraken对他们。然后，我会解析Kraken输出的输出，以检测最常见的物种（在一组允许范围内），如果没有提供物种值（使用snakemake运行-s test.snake --config R1_reads = R2_reads = species = “”。

我有2个问题。

1. 什么给出动态输出/输入推荐的方法？

目前我对于这个策略是创建一个临时文件，其中 包含将检测到的物种cat {input.species}再变成 其他s地狱命令。这似乎并不高雅，但通过 看文档，我不能找到一个适当的选择。我注意到 PersistentDicts会允许我在运行之间传递变量：命令 ，但我不确定是否可以使用它将变量加载到shell中： 部分。我还注意到，包装可以让我处理它 然而，从我需要这个变量的角度来看，我会包装 剩余的工作流程。

1. 如果我希望事后使用物种运行特定物种的脚本（具有多种物种特定工作流程），snakemake是否是正确的工具？

现在我对如何解决这个问题的印象是有物种的多个工作流程文件，并有开关运行，根据物种调用相关的物种工作流程。

感谢有关这些问题的任何见解。

-Kim

Answer 1

您可以将输出标记为动态（例如，期望每个物种有一个文件）。然后，Snakemake将确定这些文件生成后的作业的下游DAG。见http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#dynamic-files