是否有与Torque/PBS一起使用的DRMAA Java库？

Question

有人知道已知可与PBS/Torque群集软件一起使用的DRMAA-API的Java实现吗？

背景背景：我想使用符合DRMAA的API将作业提交给来自Java的新设置的Linux集群。该集群由PBS/Torque管理。转矩包括PBS DRMAA 1.0文库用于包含DRMA-C结合的转矩/ PBS，并提供libdrmaa.so和.a二进制文件。我知道Sun网格引擎包含一个提供Java-DRMAA API的drmaa.jar。事实上，我选择使用SGE，但它决定先尝试PBS。

这一决定背后的理论是：
“DRMAA是一个标准，因此一个Java API只需要一个符合标准的DRMAA-C结合。”但是，我找不到这样的“通用DRMAA-C-java API”，现在假设这种假设是错误的，并且Java库是引擎特定的。

编辑： 我刚刚从sun grid引擎包中尝试了drmaa.jar，并试图与pbs libdrmaa.so交叉使用它。毫不奇怪，这失败了（JNI不满意的链接错误）。

结论：它不会那样工作！经过一番搜索，我发现只有这几个选项：

1. 安装GridWay on Globus 工具包。安装在PBS上， GridWay声称在 Java中提供DRMAA。看起来太复杂了，我的 设置。
2. Scrap DRMAA，由PBS提交 从Java调用系统命令qsub，qstat， 等。简单但不是如此 不错。

3. 自己实施drmaa绑定。 太复杂...

4. 切换到网格引擎。在我的 意见中，GE在语言绑定方面优于PBS 。

我倾向于更喜欢选项2.或4.任何建议？

Answer 1

经过一些更多的搜索后，它看起来像我必须自己写一些东西。目前似乎还没有最佳答案，但它可以作为尝试相同的警告。

问这些问题的最好的地方是可能的扭矩邮件列表：www.clusterresources.com/resources/mailing-lists.php

首先，为什么你不能只用任何DRMAA Java的原因库，并将其与任何DRMAA-C实现结合使用如下： DRMAA描述了资源控制的接口，而不是它如何实现。供应商可以使用DRMAA-C实现并仅使用这些功能，但他们不需要。它可以使用引擎中的任何内容。所以一个重要的信息是：如果您需要某种语言绑定，请确保它们适用于所有需要的语言。

关于提到的选项：

1. 使用GridWay/Globus工具箱：http://www.gridway.org/doku.php?id=start 优势：Gridway是支持多种资源管理系统（SGE，PBS，...）元调度。可能的话，目前获得DRMAA接口与PBS一起工作的唯一方法。缺点：它看起来像层层叠叠和复杂的通货膨胀。没有经验。

2. 使用系统命令qsub，qstat，qdel。 优势：快速破解 缺点：肮脏的黑客，需要实现解析器的输出，可能不会注意到，如果出现错误，绕过从标准输入/输出/标准错误，不便于携带

3. 使用JNI应该是可能的消息为drmaa.c中的每个c函数创建绑定 优点：将提供完整的drmaa实现（希望） Disadvanteges：涉及编译代码，很多C函数的手动打包（也许这可以自动化）

4. 切换到另一个网格引擎。可能的话，我们之前应该做过这样的分析。但是，我们已经有另一个扭矩集群，并且有这方面的经验。经营两个将创建更多的异构基础设施。

5. 更改来自不同供应商的现有drmaa库。不知道这是否可行...我们也会研究。

Answer 2

你有没有决定该怎么做？您是否设法使用Torque/PBS的Java DRMAA绑定？我正在寻找一些Java DRMAA代码在Torque/PBS系统上工作，如果您已经完成了这项艰苦的工作，我很乐意去偷它。

但是，如果你还没有，那么制作一些Java绑定应该不会太坏，如果没有其他人做，我会这样做。几年前，我成功修改了DRMAA Java绑定，让SGE与Xgrid的新DRMAA实现一起工作（现在已过时，但可能很快就会恢复）。

我甚至写了一篇关于我的经验，一个简短的博客文章（包括链接到一般说明）：

http://edbaskerville.com/2006/07/11/java-bindings-working/

Answer 3

我也有这个问题。 这是一个为PBS/Torque创建面向对象的C++和Java DRMAA绑定的项目。

缺点是您必须能够加载从C++代码创建的库，因此它不是一个“纯Java”实现，只能作为.jar文件分发，期望最终用户提供“libdrmaa.so”自己。

对于它的价值，那就是： https://github.com/bryan-lunt/PBSJavaDRMAA/