Scala：用于表示同一类型对象之间1：1,1：M，M：1和M：M关系的数据结构

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在比较基因组学中，鉴定了直向同源基因[即相信的基因在两个基因组中具有相似的功能]在各种应用中都很重要。来自两个基因组的这些基因之间的关系可以是1：1,1：M，M：1和M：M。在Scala中，我写了这个简单的例子类来表示基因：Scala：用于表示同一类型对象之间1：1,1：M，M：1和M：M关系的数据结构

case class Gene(id: Int, protId: String, geneId: String)

这个功能做的映射：

def orthologyMapping(genome1: Array[Gene], genome2: Array[Gene]): Vector[HashMap[Gene, Gene]] = { ...

我无法在文档中找到任何内置类型这种特定类型的映射关系的集合。正如你所看到的，orthologyMapping（）返回类型是Vector [HashMap [Gene，Gene]]，并且Vector包含一串1：1关系的HashMap。

来源

2016-11-24 7kemZmani

您是否曾考虑将这组关系建模为图形？因为这对我来说似乎是天作之合。如果你想要一个可以使用的图书馆，请看看来自Verizon的OnCue团队的Quiver： https://verizon.github.io/quiver/

来源

2016-11-24 04:57:48

在我的情况下，尽管我正在寻找更简单，更原始的Scala。我最初的想法是使返回类型为Vector [HashMap [List [Gene]，List [Gene]]]，因为在每个HashMap中，键和值列表都不能为空[两者至少可以有一个项目] – 7kemZmani

HashMap[T,U]代表M：1的关系，例如(a -> 1),(b -> 1)。为了表示M：M关系，您可以使用HashMap[Gene, Set[Gene]]。这可以建模M：M关系，例如， (a -> (1,2)),(b -> (1,2))

来源

2016-11-24 03:44:28 radumanolescu

HashMap的使用实际上并没有捕捉到关系的真实性;我现在使用的quick-and-dirty解决方案是Vector [List [List [Gene]，List [Gene]]]作为orthologyMapping（）函数的返回类型 – 7kemZmani

Scala：用于表示同一类型对象之间1：1,1：M，M：1和M：M关系的数据结构

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