如何在biomaRt R软件包中使用NCBI基因数据库

我并不是很熟悉R，但我试图学习如何使用biomaRt软件包来查找位于我感兴趣的区域的基因。如何在biomaRt R软件包中使用NCBI基因数据库

我已经成功使用ENSEMBL数据集用下面的代码产生一个有效的输出：

> mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl") 
> results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","start_position","end_position", 
"band","hgnc_symbol","entrezgene"), filters = c("chromosome_name","start","end"), 
values = list(1,226767027,227317593), mart=mart)

我知道“entrezgene”对应于NCBI基因ID，但我想有来自NCBI的GENE NAME。

有没有办法将biomaRt连接到NCBI数据库并检索该信息？

谢谢您的高级。

来源

2017-07-18 Francesca Scellato

类型listAttributes(mart)看到的属性列表，您可以选择

关于基因的名字，我想你可能想external_gene_id但也有其他基因名称选项，以及。

来源

2017-07-18 11:44:03 CPak

谢谢！我尝试过'external_gene_id'，但我可能搞砸了一些东西。现在它正在按照我的想法工作。 –

很高兴工作。 – CPak

如何在biomaRt R软件包中使用NCBI基因数据库

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