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    转换GENCODE ID来ENSEMBL - 远程SummarizedExperiment

    我与rownames是什么，我认为一个表达式设置的矩阵是在例如 “ENSG00000000003.14” “ENSG00000000457.13” “ENSG00000000005.5的格式的GENCODE ID “ 等等。 我想将它们转换为gene_symbol，但我不确定这样做的最佳方式，特别是因为我认为是该版本的“.14”或“.13”。我应该先修剪所有ID，然后使用biomaRt进行转换吗？
    r annotations biomart 2017-07-03

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    使用biomaRt注释位置

    我有一些基因组位置，我想用biomaRt R软件包根据Ensembl注释这些位置（找到Ensembl基因ID，外显子，内含子等特征）。我的数据 chr start stop strand chr10 100572320 100572373 - chr10 100572649 100572658 +
    r bioinformatics bioconductor biomart 2016-02-23

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    在biomaRt中检索SNP位置，命令挂起

    我试图检索SNP位置的信息。我试图按照本网站的答案的指示，但该命令不工作了： library(biomaRt) # biomaRt_2.30.0 snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp") snp_ids = c("rs16828074", "rs17232800") snp_attributes = c(
    r biomart 2017-10-12

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    从基因符号和ID获取基因位置

    我想从基因符号（例如：TTN）和基因ID（例如：ENSG00000155657）中获取人类基因组的基因位置。我想用biomaRt的R包来做。我该怎么做？
    r biomart 2017-08-28

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    如何在biomaRt R软件包中使用NCBI基因数据库

    我并不是很熟悉R，但我试图学习如何使用biomaRt软件包来查找位于我感兴趣的区域的基因。 我已经成功使用ENSEMBL数据集用下面的代码产生一个有效的输出： > mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl") > results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","
    r ncbi biomart 2017-07-18

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    删除“。”后的部分字符串。

    我与NCBI参考序列登录号工作就像变a： a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2") 要从biomart包我需要的登录号后删除.1，.2等获取信息。我通常这样做这个代码： b <- sub("..*", "", a) # [1] "" "" "
    r regex string bioinformatics biomart 2012-05-16
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