R：TUKEY单向方差分析

我在R中进行了单向方差分析，但当我试图做Tukey事后查看哪些处理彼此不同时，我总是收到错误消息。（我想的结果进行排列（A，AB，B，BCD ...等）R：TUKEY单向方差分析

DATA细节：

数据= “ABH2”

X = 6个处理： “治疗”

Y =湿气读数 “潮湿”（N = 63％的治疗，总= 378）

我跑了单因素方差分析：

anov <- anova(lm(moist~treatment, data=abh2))

＃结果表明，我可以移动到事后（P < 0.05）：

Analysis of Variance Table 

Response: moist 
      Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)  
treatment 5 1706.3 341.27 25.911 < 2.2e-16 ***

我选择杜克HSD，并试图运行它有2种方法，但得到错误信息两种：

内置一个R函数：

TukeyHSD(anov) 
# ERROR : no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "c('anova', 'data.frame')"

Agricolae包：

HSD.test(anov, "treatment", group=TRUE, console=TRUE) 
    # ERROR : Error in HSD.test(anov, "treatment", group = TRUE, console = TRUE) : 
argument "MSerror" is missing, with no default

我发现MSerror为

1） “＃旧版本HSD.test（）”（但我刚刚更新了agricolae包）

2）MSerror < -deviance（模型）/ DF

所以，我试图：

HSD.test(anov, "treatment", MSerror=deviance(moist)/5, group=TRUE, console=TRUE) 
*but still* # ERROR: $ operator is invalid for atomic vectors

任何人都可以帮助我从这里前进吗？这似乎是一个非常简单的问题，但我已经花了几个小时！

非常感谢:)

来源

2017-02-02 K_R

感谢您的反馈安妮 - 克洛德，它让我在正确的轨道上R没有按照它应该识别的数据。

library(agricolae) 

model<-aov(moist~treatment, data=abh2) 

out <- HSD.test(model,"treatment", group=TRUE,console=TRUE)

看来，我是最初使用（来自R基本包）的ANOVA命令，简单地不被Tukey检验我试图理解：

我虽然使用此代码解决了这个问题之后执行（使用agricolae软件包）。

对我有用的信息：尝试在同一个包中进行一系列相关分析！

p.s.这不会给p.value。针对该信息运行ANOVA本身：

anova(model)

来源

2017-02-06 16:44:30

尝试用下面的代码来描述你的治疗是一个因素：

abh2$treatment <- factor(abh2$treatment)

来源

2017-02-03 21:19:13

R：TUKEY单向方差分析

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