使用现有的R应用程序/软件包可视化协作网络结构

我试图想象“合资企业”（即企业与产品中的其他人协作）的关系数据结构。例如，我公司可能会与j公司参与合资公司A，但我公司也会参与与j公司和k公司k的合资企业B，因此，公司i，j，k都共享某种合作模式，成员关系（{i，j}，{i，j，k}），但公司{i，j}之间的合作力度要强于{i，k}合资企业。使用现有的R应用程序/软件包可视化协作网络结构

我会在这些标志性的网络图中想象这一点，但强调关系的强度因不同的二元组（企业）而异。我想到的一个相关示例是Mark Newman在PNAS（Newman 2004）中的合着研究，在图6中，每对节点（即作者）通过不同厚度的边连接，表示合着作者的强度（即，在两者之间的协同工作的数）所示的每对作者之间的强度，如图片：

我已经检查了一些以前的职位（例如this one）与R有关的的igraph和两方包，但不要认为双方网络及其应用适合我的目的。

我想知道（1）是否有任何现有的R软件包/应用程序可以帮助可视化网络中每个节点之间的连接强度，以及（2）这种类型的数据的结构应该如何看起来像？（使用'公司'，'项目'作为列或行？）

谢谢。

来源

2017-07-03 Chris T.

你可以使用visNetwork软件包来创建这样的图形 –

我遵循你的和@ KoenV的建议，它运行良好。谢谢！ –

正如@ R.B所述，您可以使用visNetwork库。与发明数据的代码可能如下：

library(igraph) 
library(visNetwork) 

set.seed(98765) # for reproducibility 
### generate some data, 
### nodes are entitities: letters represent contributors 
nodes <- data.frame(id = 1:11, 
        label = LETTERS[1:11], # name of node 
        title = LETTERS[1:11]) # optional tooltip 
### edges represent relations 
edges <- data.frame(
    from = sample(1:11, 50, replace = TRUE), 
    to = sample(1:11, 50, replace = TRUE), 
    arrows = "", 
    width = c(rep(1, 20), rep(4, 20), rep(6,6), rep(10, 3), 15) ## weights 
) 


visNetwork(nodes, edges, width = "100%") %>% 
    visIgraphLayout(layout = "layout_in_circle") %>% 
    visNodes(size = 25) %>% 
    visOptions(highlightNearest = list(enabled = F, hover = T))

这将生成以下情节（在HTML互动）

请让我知道这是否是你想要的。

来源

2017-07-03 14:39:05 KoenV

非常感谢您花时间说明这一点！我应该能够推送visNetwork代码，添加一些化妆品（例如，用节点名称标记节点）等。但是，visIgraphLayout（layout =“layout_in_circle”）％>％命令行似乎不起作用在我的Rstudio上，R返回错误信息“Can not find'layout_in_circle'function，Please verify it。”我也试过使用默认的'layout_nicely'，但它仍然不起作用。我对visNetwork相当陌生，是一个编程错误？ –

安装并加载'igraph'软件包后请再试一次，请让我知道它是否可用。 – KoenV

再次感谢！我删除了旧版本并重新安装了igraph，现在它可以工作。非常感谢。 –

使用现有的R应用程序/软件包可视化协作网络结构

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