.cat.fastq to .cat.fasta文件转换问题

我试图将fastq转换为fasta而不先做一个质量过滤器。当我尝试使用fastx工具包来运行此转换时，它在运行到低质量基础时会给我一条错误消息，并终止转换，以便转换后的输出很早结束。（错误表示质量得分低于-30）。.cat.fastq to .cat.fasta文件转换问题

然后，我尝试使用此论坛中较早发布的sed解决方案，介绍如何使用sed转换为fasta。该生产线是这样的：

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p'

行我输入端子为：

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' Sample_As_L001_R1.cat.fastq

它吐了我想要的东西，而是直接打印到终端。

如何获取此信息不在终端上打印，而是打印到输出文件？

如何指定我希望输出进入的文件/文件名。谢谢。

2014-09-22 BenCUTA

只要小心就总是打印记录为4线的fastq文件只使用此命令。而99％的fastq都这样做，如果序列太长，有些软件会使用更多的行。 – dkatzel 2014-09-22 20:12:14

它重定向到一个文件

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' Sample_As_L001_R1.cat.fastq > Sample_As_L001_R1.cat.fasta

2014-09-22 17:48:19 cfrick

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