如何使用R中的附加信息创建邻接列表中的igraph对象？

我在形式如何使用R中的附加信息创建邻接列表中的igraph对象？

df <- data.frame(name= c("Sue", "Rob", "Jacob", "Terry"), 
       f1 = c("Rob", "Sue", "Rob", "Jacob"), 
       f2 = c(NA, "Terry", "Terry", NA), 
       f3 = c(NA, "Jacob", NA, NA), 
       bf1 = c(1,1,1,0), 
       bf2 = c(NA, 1, 0, NA), 
       bf3 = c(NA, 0, NA, NA))

其中的变量f1到f3指朋友苏，罗布，雅各布和特里有相当广泛的网络数据。变量bf1到bf3指的是他们是否认为他们是最好的朋友。

我现在想根据这个数据框创建一个R igraph的图形项目，并包含所有信息。到目前为止，我有：

adj_list <- subset(df, select = c(name, f1:f3)) 
m <- as.matrix(adj_list) 
el1 <- cbind(m[, 1], c(m[, -1])) 
el1 <- el1[complete.cases(el1),] 
el1[2,] <- as.numeric(factor(c(el1[1,]))) 
g1 <- graph_from_edgelist(el1)

但我不知道如何获取辅助信息到图形对象。有任何想法吗？

来源

2017-08-30 myname

尝试数据重塑长：'DAT < - 重塑（DF，不同=列表（2：4,5：7），方向= “长”，idvar = “名称”）'。将它整理成ldat < - ldat [！is.na（ldat $ f1），-2]'，然后读入图的g <-graph> :: graph_from_data_frame（ldat）'：bf作为边缘属性读入。 – user20650

我假设你是指'bf1'到'bf3'作为辅助信息，对吧？ PS：边权重可以通过'E（g1）$ weight'访问。 –

一种方法是将数据重塑为长格式。

# Get indices of columns to group together 
friendsIndices <- with(dat, grep("^f", names(dat))) # strings beginning with 'f` 
bffIndices <- with(dat, grep("^bf", names(dat))) # strings beginning with 'bf`

整形

ldat <- reshape(dat, 
       varying=list(friendsIndices, bffIndices), 
       direction="long", idvar="name") 

# Tidy up long data - 
    # remove time column 
    # remove rows with `NA` 
ldat <- ldat[!is.na(ldat$f1), -match("time", names(ldat))] 
ldat 
#   name f1 bf1 
# Sue.1  Sue Rob 1 
# Rob.1  Rob Sue 1 
# Jacob.1 Jacob Rob 1 
# Terry.1 Terry Jacob 0 
# Rob.2  Rob Terry 1 
# Jacob.2 Jacob Terry 0 
# Rob.3  Rob Jacob 0

数据现在能到igraph

library(igraph) 
g <- graph_from_data_frame(ldat)

的bf属性被存储为在边缘被读取属性E(g)$bf1。然后，您可以根据此属性绘制边缘颜色或权重。

plot(g, 
    edge.width=2*(E(g)$bf1+1), 
    edge.color=c("red", "blue")[E(g)$bf1+1], 
    edge.curved=TRUE)

来源

2017-08-30 14:38:37 user20650

谢谢，我没有想过重塑！ – myname

如何使用R中的附加信息创建邻接列表中的igraph对象？

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