使用“ComplexHeatmap”包的热图树状图

我正在使用“ComplexHeatmap”包创建矩阵中相关性的热图。我想用我自己的聚类的热图的树状图，所以我运行下面的代码：，使用“ComplexHeatmap”包的热图树状图

library(ComplexHeatmap); 
mat = matrix(rnorm(800),80,10); 
cor.mat= cor(mat) 
dist.mat = (1-cor.mat)/2; 
rowdist = dist(as.matrix(dist.mat), method = "euclidean") 
rowcluster = hclust(rowdist, method = "ward.D2") 
coldist = dist(t(as.matrix(dist.mat)), method = "euclidean") 
colcluster = hclust(coldist, method = "ward.D2") 
par(mfrow=c(1,2));plot(rowcluster);plot(colcluster); 
Heatmap(cor.mat ,cluster_rows=rowcluster, cluster_columns=colcluster)

问题是，我得到的行和列（非对称）不同的集群尽管集群对象是相同的。即使我将Heatmap函数传递给行和列的完全相同的对象，它仍然显示行和列的不同顺序。如果我只是创建树状图，即绘图（rowcluster）或绘图（colcluster），它们是相同的。

我想得到一个对称的热图。任何想法为什么发生这种情况？谢谢

来源

2017-07-03 afeiglin

使用rowclust = colclust。

无需转置。

但请注意，您已经有一个距离矩阵，所以“欧几里得”是错误的。您正在计算距离矩阵的距离矩阵！

来源

2017-07-25 06:58:59

使用“ComplexHeatmap”包的热图树状图

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