通过biopython连接到Ensembl

biopython

2012-07-04 27 views 4 likes

我刚刚加入python和biopython工作，喜欢连接Ensebml并获取一些序列和其他数据，如TSS，一些基因列表等。但我的问题是，我似乎无法找到biopython中的任何方法或模块都可以这样做。我知道这是perl中使用Ensembl API的非常常见的事情。我真的很感激，如果有人告诉我或指向我的文档，看看这些事情是如何在biopython中完成的。谢谢通过biopython连接到Ensembl

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2012-07-04 Mehsah Yhook

见https://github.com/ biopython/biopython /问题/ 512 – peterjc

回答

在BioStar中有a similar question and a few answers。

来源

2012-07-04 16:49:01 sefakilic

您需要使用并安装pyCogent模块。那么具体的位做ENSEMBL是在这里：http://pycogent.org/examples/query_ensembl.html

取决于你想做的事，你可能更愿意使用从ENSEMBL的REST API，其做法是什么：http://beta.rest.ensembl.org

来源

2013-05-14 10:07:04 Lydia

通过biopython连接到Ensembl

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