python3 renderPM（？）filehandle pb（通过biopython）

我想用biopython模块Bio/Graphics/BasicChromosome.py生成一个核型图像。这里是我的代码python3 renderPM（？）filehandle pb（通过biopython）

import sys 
import pprint # debug 
from Bio.Graphics import BasicChromosome 


diagram = BasicChromosome.Organism() 
diagram.output_format = "pdf" 

# Ok, it works 
# diagram.draw("toto.pdf", "test") 

# this one fail. 
with open("toto.pdf", 'w') as o_out: 
    diagram.draw(o_out, "test")

这个脚本生成一个空的图，只有在PDF文档中的标题为“测试”。至少它应该，而且实际上它与python2。

随着python3时，出现以下错误：

Traceback (most recent call last): 
    File "test_emptyKaryo.py", line 16, in <module> 
    diagram.draw(o_out, "test") 
    File "/usr/lib/python3/dist-packages/Bio/Graphics/BasicChromosome.py", line 161, in draw 
    return _write(cur_drawing, output_file, self.output_format) 
    File "/usr/lib/python3/dist-packages/Bio/Graphics/__init__.py", line 82, in _write 
    return drawmethod.drawToFile(drawing, output_file) 
    File "/usr/lib/python3/dist-packages/reportlab/graphics/renderPDF.py", line 298, in drawToFile 
    c.save() 
    File "/usr/lib/python3/dist-packages/reportlab/pdfgen/canvas.py", line 1237, in save 
    self._doc.SaveToFile(self._filename, self) 
    File "/usr/lib/python3/dist-packages/reportlab/pdfbase/pdfdoc.py", line 222, in SaveToFile 
    f.write(data) 
TypeError: write() argument must be str, not bytes

看来，文件句柄不再被支持。我不认为这是一个biopython错误。任何人都可以给我一个线索，使其工作？

如果我将输出格式更改为png，则pdf将不再调用，因此我认为它来自renderPM.py。

来源

2017-08-13 Sébastien L

您需要将字符串对象传递给以string模式打开的文件对象，或者以binary模式打开输出文件（在这种情况下更容易）。

with open("toto.pdf", 'wb') as o_out:

应该这样做。

来源

2017-08-16 11:18:52

python3 renderPM（？）filehandle pb（通过biopython）

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