[R ExpressionSet过滤NA值

Question

我想R中创建以下ExpressionSet：

dataDirectory <- system.file("extdata", package = "Biobase") 
exprsFile <- "path to expression data.txt" 
exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1, as.is = TRUE)) 

pDataFile <- "path to phenotype data.txt" 
pData <- read.table(pDataFile, row.names=1, header=TRUE, sep="\t") 
phenoData <- new("AnnotatedDataFrame",data=pData) 

现在删除从exprs那些列与NA的超过80％的值

exprs <- exprs[,colSums(is.na(exprs)) < 0.8] 

之前，我可以执行以下代码&构建ExpressionSet我必须删除与exprs中上面删除的列匹配的phenoData（= samples）中的所有行。我怎样才能做到这一点？

exampleSet <- ExpressionSet(assayData=exprs, phenoData=phenoData) 
exampleSet 

Answer 1

构建ExpressionSet（不滤波）

exampleSet <- ExpressionSet(assayData=exprs, phenoData=phenoData) 

，然后子集，使用所述exprs()函数表达值的下属矩阵的工作：

exampleSet[, colSums(is.na(exprs(exampleSet))) < 0.8] 

询问Bioconductor的问题Bioconductor support site上的封装。