如何在R中保存一个分层的pdf（通过Sweave？）

Question

我已经搜索过，谷歌搜索，阅读?pdf，并找出了可以保存一个PDF格式的图形的可能性与层可以swiethed和在pdf查看器边缘关闭。我正在谈论的一个例子是USGS四地形地图，它可以下载为多层的pdf格式，如this（压缩的pdf）。

在PDF（）帮助文件下一句听起来很可怕，但我也想检查我没有曲解它：

The R graphics model does not distinguish graphics objects at the level 
of the driver interface. 

我曾经能够保存分层PDF在Illustrator中，但不再有这个程序在我手中。也许有人可以从R内想到一个解决方法？我使用地图的数据是大的，但这里有一个玩具例子：

pdf("2objects.pdf") 
plot(NULL, type = "n",xlim = c(0,1),ylim = c(0,1)) 
rect(0,.7,.7,0,border = "blue",lwd=2) 
rect(.3,1,1,.3,border = "red",lty=2,lwd=2) 
dev.off() 

它看起来像这样（这是一个PNG，但上述会给一个pdf）

我会就像能够将红色和蓝色框作为可见度的图层一样，可以在PDF查看器中打开和关闭。

非常感谢！

编辑：找到thread in R-help（re：@mnel），它看起来不可能。我仍然会留下这个问题，以防有人提出了一个漂亮的R-tastic解决方案。

编辑（2012年9月5日）：我尝试通过Sweave进行此操作，并使用已发布的解决方法here取得了部分成功。这种方法产生一个带有'图层'的pdf，可以使用图像下面的超链接文本打开和关闭。它使用'动画'欺骗来做到这一点。尽管它还不是我最终的期望结果，但它的优势在于不依赖于特定的pdf查看器。我仍然会等待，看看是否有人在Sweave文档中发布图层，也就是OCG，然后我可以将其自动化。

编辑（2012年9月13日）：我使用上面提到的代码发布了一个答案，我能够在更复杂的现实世界中使用它，而且不会在美国境内覆盖不同行政和统计界限的代码进行更改。在这种情况下，我刚刚命名了不同的地图叠加层layer-0.pdf，layer-1.pdf等，并且它没有错误地工作。我仍然希望最终有更好的东西出现在这里。

感谢所有为你评论

Answer 1

我能够通过ggplot实现这一目标。

library(ggplot2) 
df <- data.frame(x = c(1,10), y = c(20,40), class = 1:2) 
layered_plot <- ggplot(df, aes(xmin = x, xmax = x + 1, ymin = y, ymax = y + 2, fill = class)) + 
geom_rect() + 
opts(legend.position = "none") 
# Now save this as pdf 
ggsave(layered_plot, file="p1.pdf") 

（这仅仅是png版本为了说明，但是当我在Illustrator打开pdf，根据需要我可以关闭各个层）。

Answer 2

看起来像（tex）animation答案是我能想出现在最好的。以下.Rnw文件将在中间创建一个带有数字的pdf文件，并在其下方创建2个文本超链接，从而独立切换红色和蓝色框的可见性。我发现使这项工作的Tex代码here。我还没有看过@亚伦的ocgtools建议，但会到达那里。非常感谢您的建议！

\documentclass{article} 
%----------------------------------------------------------------%\ 
\usepackage[OT1]{fontenc} 
\usepackage{Sweave} 
\usepackage{animate} 
\usepackage{hyperref} 
\usepackage[margin=0.4in]{geometry} 
%----------------------------------------------------------------% 

\makeatletter 
% command to create a toggle link 
\newcommand{\ShowHideLayer}[3]{% 
    % #1: anim No. (zero-based), 
    % #2: layer No. (zero-based), 
    % #3: link text 
    \leavevmode% 
    \pdfstartlink user { 
    /Subtype /Link 
    /Border [\@pdfborder]% 
    /A << 
     /S/JavaScript 
     /JS (
     \if at anim@useocg% 
      if(a#1.fr[#2].state==true){ 
      a#1.fr[#2].state=false; 
      }else{ 
      a#1.fr[#2].state=true; 
      } 
     \else 
      if (a#1.fr[#2].display==display.visible){ 
      a#1.fr[#2].display=display.hidden; 
      }else{ 
      a#1.fr[#2].display=display.visible; 
      } 
      this.dirty=false; 
     \fi 
    ) 
    >> 
    }#3% 
    \pdfendlink% 
} 

% command to create a link to show/hide all layers 
\newcommand{\ShowHideAll}[2]{% 
    % #1: anim No. (zero-based), 
    % #2: link text 
    \leavevmode% 
    \pdfstartlink user { 
    /Subtype /Link 
    /Border [\@pdfborder]% 
    /A << 
     /S/JavaScript 
     /JS (
     var countvisible=0; 
     for(var i in a#1.fr){ 
      \if at anim@useocg 
      if(a#1.fr[i].state==true){countvisible++;} 
      \else 
      if (a#1.fr[i].display==display.visible){countvisible++;} 
      \fi 
     } 
     if(countvisible){ 
      for(var i in a#1.fr){ 
      \if at anim@useocg 
       a#1.fr[i].state=false; 
      \else 
       a#1.fr[i].display=display.hidden; 
       this.dirty=false; 
      \fi 
      } 
     } 
     else{ 
      for(var i in a#1.fr){ 
      \if at anim@useocg 
       a#1.fr[i].state=true; 
      \else 
       a#1.fr[i].display=display.visible; 
       this.dirty=false; 
      \fi 
      } 
     } 
    ) 
    >> 
    }#2% 
    \pdfendlink% 
} 
\makeatother 

\begin{document} 

% heres the R-making of the plots, saved to working directory, 
% which should be the folder containing this .Rnw file 
% 3 versions of the same plot, one for each layer 
<<echo = FALSE, hide = TRUE>>= 
pdf("layer-0.pdf") 
plot(NULL, type = "n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), xlab = "", ylab = "") 
dev.off() 

pdf("layer-1.pdf") 
plot(NULL, type = "n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), axes = FALSE, xlab = "", ylab = "") 
rect(0, .7, .7, 0, border = "blue", lwd = 2) 
dev.off() 

pdf("layer-2.pdf") 
plot(NULL, type = "n", xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), axes = FALSE, xlab = "", ylab = "") 
rect(.3, 1, 1, .3, border = "red", lty = 2, lwd = 2) 
dev.off() 
@ 

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% 
\begin{center} 
    %animated layer-set No. 0 
    %           v-- frame rate ignored 
    \animategraphics[width=1\linewidth,step]{1}{layer-}{0}{2} 

    \ShowHideLayer{0}{1}{toggle red box}\\ 
    \ShowHideLayer{0}{2}{toggle blue box}\\ 
\end{center} 
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% 
\end{document}