是否可以在R Jupyter笔记本中安装Bioconductor封装“雨”？

我想在Jupyter笔记本上安装R的bioconductor rain package。是否可以在R Jupyter笔记本中安装Bioconductor封装“雨”？

我不能安装该软件包中Jupyter笔记本按照上面链接的网站上给出的指令 - 在R木星笔记本：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("rain")

我收到以下错误：

Warning message: 
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message: 
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘rain’ had non-zero exit status

我能够使用以下命令在Jupyter（DESeq2）中安装不同的Bioconductor软件包 - 在命令行中：

conda install bioconductor-deseq2

但是这种方法不适用于降雨包，因为与deseq2不同，降雨不在水蟒云上。

是否有可能在Jupyter上安装bioconductor软件包而不是在anaconda云（如雨包）上，如果是，如何安装？

谢谢！

来源

2016-06-28 A. Vislova

可能重复[我应该如何处理'package'xxx'不可用（对于R版本xyz）“warning？]（http://stackoverflow.com/questions/25721884/how-should-i-deal -with-package-xxx-is-not-available-for-r-version-xyz-wa） – zx8754

不完全一样 - 我的问题与安装专门用于Jupyter Notebook软件的R软件包有关。 –

我找到了解决我的问题的方法。有两种方式安装IRkernel：1）使用CRAN + Github（说明：http://irkernel.github.io/）和2）作为名为r-irkernel的conda软件包。后来我用过的方法安装并运行conda自己的R版本，R可以安装的软件包的功能比较有限。鉴于CRAN + Github方法允许Jupyter使用您的计算机上已安装的R版本以及它可以运行的任何软件包。

来源

2016-07-26 02:06:51

是否可以在R Jupyter笔记本中安装Bioconductor封装“雨”？

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