cheminformatics

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我的目标是使用元素周期表（或列表）来获取有关Java中特定元素的信息。我想通过原子序数和符号搜索它（但该转换应该很简单）。我在this JQuery plugin找到该信息。但它被存储为一个JSON文件。硬编码信息似乎是最有效的（因为它不会经常更改并且由于性能原因），但是如何将JSON转换为硬编码的enum？

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rcdk R包未能计算来自SMILES代码的指纹

我正在使用微笑代码获得FDA批准的可用于chEMBL 22数据库的药物。我现在用的是package rcdk，我使用此代码： library(rcdk) dat1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt",sep="\t",header=T) smi <-lapply(as.character(dat1$CANONICAL_SMILES),parse.smi

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可以INCHI用于化学结构的搜索，而不是指纹

我想到用INCHI的主层，电荷层和立体层（INCHI字符串），我们还是可以比较的化学分子结构搜索（相似性和结构搜索），但是，为什么大多数应用都是用于进行相似性搜索或子结构搜索的化学指纹。 INCHI中缺少的可通过化学指纹（如daylight或任何其他指纹）可用的缺失

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如何使用正则表达式来识别化学公式中氢的数量？

应使用哪种表达式来确定化学式中的氢原子数量？例如： C40H51N11O19 - 51氢 C2HO - 1氢 CO2 - 无氢（空）任何建议？谢谢！干杯！

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删除化合物的断开结构

我一次一个上传3个不同的化学文件到我的应用程序中。每个文件包含SMILE的化合物，但标记名称不同。我正在通过读取文件创建一个IAtomContainer流。我想从流中移除断开连接的结构。有什么方法可以将其删除而不是手动检查SMILES。我正在使用cdk 1.5.13。