创建共聚类的R中的边缘节点三角形adjancy矩阵/ Python的

Question

我有以下边缘（行）节点（COLS）三角形adjancy矩阵，其中我们有一个在每个条目中，如果边缘属于三角形。我想在这个矩阵上进行联合聚类（但是你会发现它不是一个传统的相邻矩阵）。尽管如果R中已经有一些coclustering函数？我知道R包含blockcluster中的cocluster函数，但无法找到一个可以使用的良好例子。 Python/R代码/包应该适合我。

这里的图形

library(igraph) 
set.seed(1) 
g <- erdos.renyi.game(15, .6) 

73 x 15 sparse Matrix of class "dgCMatrix" 

[1,] 1 1 . . . . . . . . . . . . . 
[2,] . 1 1 . . . . . . . . . . . . 
[3,] 1 . . . 1 . . . . . . . . . . 
[4,] . 1 . . 1 . . . . . . . . . . 
[5,] . . 1 . 1 . . . . . . . . . . 
[6,] . . . 1 1 . . . . . . . . . . 
[7,] 1 . . . . 1 . . . . . . . . . 
[8,] . . . 1 . 1 . . . . . . . . . 
[9,] 1 . . . . . 1 . . . . . . . . 
[10,] . 1 . . . . 1 . . . . . . . . 
[11,] . . 1 . . . 1 . . . . . . . . 
[12,] . . . . . 1 1 . . . . . . . . 
[13,] 1 . . . . . . 1 . . . . . . . 
[14,] . . 1 . . . . 1 . . . . . . . 
[15,] . . . 1 . . . 1 . . . . . . . 
[16,] . . . . 1 . . 1 . . . . . . . 
[17,] . . . . . 1 . 1 . . . . . . . 
[18,] . . . . . . 1 1 . . . . . . . 
[19,] 1 . . . . . . . 1 . . . . . . 
[20,] . . . 1 . . . . 1 . . . . . . 
[21,] . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 
[22,] . . . . . 1 . . 1 . . . . . . 
[23,] . . . . . . 1 . 1 . . . . . . 
[24,] . . . . . . . 1 1 . . . . . . 
[25,] 1 . . . . . . . . 1 . . . . . 
[26,] . 1 . . . . . . . 1 . . . . . 
[27,] . . 1 . . . . . . 1 . . . . . 
[28,] . . . . 1 . . . . 1 . . . . . 
[29,] . . . . . . 1 . . 1 . . . . . 
[30,] . . . . . . . 1 . 1 . . . . . 
[31,] . . . . . . . . 1 1 . . . . . 
[32,] . . 1 . . . . . . . 1 . . . . 
[33,] . . . 1 . . . . . . 1 . . . . 
[34,] . . . . 1 . . . . . 1 . . . . 
[35,] . . . . . 1 . . . . 1 . . . . 
[36,] . . . . . . . 1 . . 1 . . . . 
[37,] . . . . . . . . 1 . 1 . . . . 
[38,] . 1 . . . . . . . . . 1 . . . 
[39,] . . 1 . . . . . . . . 1 . . . 
[40,] . . . 1 . . . . . . . 1 . . . 
[41,] . . . . 1 . . . . . . 1 . . . 
[42,] . . . . . 1 . . . . . 1 . . . 
[43,] . . . . . . 1 . . . . 1 . . . 
[44,] . . . . . . . 1 . . . 1 . . . 
[45,] . . . . . . . . 1 . . 1 . . . 
[46,] . . . . . . . . . . 1 1 . . . 
[47,] 1 . . . . . . . . . . . 1 . . 
[48,] . 1 . . . . . . . . . . 1 . . 
[49,] . . 1 . . . . . . . . . 1 . . 
[50,] . . . 1 . . . . . . . . 1 . . 
[51,] . . . . . 1 . . . . . . 1 . . 
[52,] . . . . . . 1 . . . . . 1 . . 
[53,] . . . . . . . . 1 . . . 1 . . 
[54,] . . . . . . . . . 1 . . 1 . . 
[55,] . . . . . . . . . . 1 . 1 . . 
[56,] 1 . . . . . . . . . . . . 1 . 
[57,] . 1 . . . . . . . . . . . 1 . 
[58,] . . 1 . . . . . . . . . . 1 . 
[59,] . . . 1 . . . . . . . . . 1 . 
[60,] . . . . . 1 . . . . . . . 1 . 
[61,] . . . . . . . 1 . . . . . 1 . 
[62,] . . . . . . . . . 1 . . . 1 . 
[63,] . . . . . . . . . . 1 . . 1 . 
[64,] . . . . . . . . . . . . 1 1 . 
[65,] . 1 . . . . . . . . . . . . 1 
[66,] . . . 1 . . . . . . . . . . 1 
[67,] . . . . 1 . . . . . . . . . 1 
[68,] . . . . . 1 . . . . . . . . 1 
[69,] . . . . . . 1 . . . . . . . 1 
[70,] . . . . . . . 1 . . . . . . 1 
[71,] . . . . . . . . . . 1 . . . 1 
[72,] . . . . . . . . . . . . 1 . 1 
[73,] . . . . . . . . . . . . . 1 1 

** cocluster功能没有连上后，我把它像一个标准的矩阵这个矩阵的工作。所以我不确定是否可以在边缘节点三角形邻接矩阵上做或不是只是标准的邻接矩阵。请在投票之前问我问题，或者决定关闭它，我会尽量详细说明。

Answer 1

还有就是双聚类在scikit学习（同协集群）

http://scikit-learn.org/stable/modules/biclustering.html

http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/bicluster_newsgroups.html

http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/plot_spectral_biclustering.html

我不知道你的问题的R部

Answer 2

library(igraph) 

library(blockcluster) 

set.seed(1) 
g <- erdos.renyi.game(15, .6) 
m <- get.adjacency(g) 
m <- as.matrix(m) 

cc <- cocluster(m, datatype="binary", nbcocluster=c(3,3)) 

它运作良好。