如何在Matlab的生物信息工具箱中为clustergram使用其他聚类方法

Question

编辑：我想通了。只是没有理解符号。

你好，

希望有人出有熟悉生物信息学工具箱中的clustergram。我对函数的图形方面感兴趣（树状图/热图），但由于它需要我使用Matlab的cluster（）函数，所以我目前处于残缺状态。我宁愿使用我的个人算法进行聚类，然后让Matlab为我形象化。

我已经搜索了代码，但对通常的面向对象编程，特别是Matlab的版本，我却一无所知。因此，我所知道的是该函数调用行'obj = obj.getclusters'，但不知道如何编辑它，使我使用我自己的聚类算法，而不是Matlab的。

任何帮助表示赞赏！

编辑：我正在专门研究一种新算法，因此为什么我不需要pdist或链接。聚类图在聚类图函数外计算。我用来创建树状图/热图的所有功能都是聚簇功能。我的生物信息学工具箱版本为3.3

真的，我在这里找的所有东西都是'obj = obj.getclusters'做？我不是程序员，对OO也不熟悉。对我来说，看起来我们神奇地拥有簇，因为没有函数调用。这是在clustergram（）

Answer 1

首先，我有更高版本的生物信息学工具箱（3.4及更高版本）的304线，并为这些版本clustergram.m文件不具有行obj = obj.getclusters;

记住CLUSTERGRAM在类（不功能，因为它是旧版本）。当你运行clustergram(data,...)时，你实际上运行这个类的构造方法来创建clustergram对象。此对象是obj变量。因此，当您运行obj = obj.getclusters;时，您实际上在clustergram类中运行getclusters方法，该方法更新对象obj。

为了获得更多的细节什么getclusters方法做寻找在方法下面一行阻止：

function obj = getcluster(obj) 

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在最新的版本中有方法computeClusters定义为

function computeClusters(obj) 

这方法计算行和列的树状图并更新对象。当然，你可以直接改变这个功能，但我不会推荐它。为距离度量和链接开发单独的函数并使用这些函数构造clustergram对象会更好。

如果你的算法没有使用距离和连接，请解释它是如何构建树状图的。它是否创建与LINKAGE函数的输出相同的链接矩阵？如果没有这样的矩阵，我认为即使仅用于可视化，您也不能使用clustergram。你有一个例子你的clustergram应该是什么样子？也许你可以使用Heatmap类别的其他更简单的功能，如IMAGE或IMAGESC。