'x'必须是数字向量：来自data.frame的数字错误

我在文件/表格的两列上运行cor.test。'x'必须是数字向量：来自data.frame的数字错误

tmp <- read.table(files_to_test[i], header=TRUE, sep="\t") 
## Obtain Columns To Compare ## 
colA <-tmp[compareA] 
colB <-tmp[compareB] 
# sctr = 'spearman cor.test result' 
sctr <- cor.test(colA, colB, alternative="two.sided", method="spearman")

但我得到这个混杂错误...

Error in cor.test.default(colA, colB, alternative = "two.sided", method = "spearman") : 
'x' must be a numeric vector

的值的列是数字，但

is.numeric(colA) = FALSE 
class (colA) = data.frame

有什么我错过了？

来源

2011-10-04 oaxacamatt

'str（colA）'和'str（colB）'的结果是什么。我猜这些数据是作为因素或字符数据读取的，可能是因为您读取的数据中存在错误的字符。 – Chase

@Chase：我upvoted你的评论，但后来意识到这不是问题（见下面的答案）。事后看来，我认为这有点误导，但是我无法删除我的赞... –

@Ben and @Chase：给出'str'结果的建议虽然不错。（我给了第二个upvote）。 – Aaron

前加上一个逗号您选择。当您使用单个索引变量而不使用逗号的data.frame对象中进行选择时，它将提取列作为列表元素保留类型。因此，它仍然是一个data.frame。但是，data.frame对象允许您选择使用矩阵样式符号，然后您将得到一个简单的向量。因此，只要改变

colA <-tmp[compareA] 
colB <-tmp[compareB]

到

colA <-tmp[,compareA] 
colB <-tmp[,compareB]

我觉得这是更保持与data.frame类型比双括号（[[）选择的精神，这将做同样的事情，但在精神的基础列表类型。它们也与单个项目和行选择器无关。因此，在使用data.frame处理多种事物的代码中，双括号选择器显得有点奇怪。

来源

2011-10-04 18:39:01 John

这工作以及我的解决方案上面。我不知道是否有角落的情况下，他们的行为有所不同... –

这对我来说，简单和容易。 – oaxacamatt

尝试tmp[[compareA]]和tmp[[compareB]]而不是单个括号。你想提取数字向量，你所做的是提取单列数据帧。比较以下几点：

> z <- data.frame(a=1:5,b=1:5) 
> str(z["a"]) 
'data.frame': 5 obs. of 1 variable: 
$ a: int 1 2 3 4 5 
> is.numeric(z["a"]) 
[1] FALSE 
> str(z[["a"]]) 
int [1:5] 1 2 3 4 5 
> is.numeric(z[["a"]]) 
[1] TRUE

尝试这些了与cor.test：

单括号：错误如上。

> cor.test(z["a"],z["b"]) 
Error in cor.test.default(z["a"], z["b"]) : 'x' must be a numeric vector

双括号：作品。

> cor.test(z[["a"]],z[["b"]]) 

    Pearson's product-moment correlation 

data: z[["a"]] and z[["b"]] 
[snip snip snip]

正如下面@Aaron指出的，cor将处理单列数据帧正常，将它们转换为矩阵 - 但cor.test没有。（这可能是在那儿长大的[email protected]ject.org，或??提交到R bug跟踪系统为AA愿望清单项...）

参见：Numeric Column in data.frame returning "num" with str() but not is.numeric()，What's the biggest R-gotcha you've run across?（其它）

来源

2011-10-04 18:33:01

虽然这确实使代码更清晰，但'cor'会将数据帧转换为矩阵，所以这应该与OP的代码具有相同的结果。 – Aaron

我没有仔细阅读; OP正在使用'cor.test'，它不会执行此转换。我怀疑你是对的。 – Aaron

很好的解释，谢谢 – oaxacamatt

'x'必须是数字向量：来自data.frame的数字错误

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