我在安装Anaconda软件库中不可用的R软件包时遇到困难。到目前为止,我的尝试可以在这里找到How to install R-packages not in the conda repositories?。构建conda的R软件包的错误
目前,我试图通过以下的标题下,从this article说明构建畅达[R包打造的R-包rafalib
的conda
。
第一部分正常工作。
conda skeleton cran rafalib
日期:
Tip: install CacheControl to cache the CRAN metadata
Fetching metadata from http://cran.r-project.org/
Writing recipe for rafalib
Done
构建命令运行到错误
conda build r-rafalib
日期:
Removing old build environment
Removing old work directory
BUILD START: r-rafalib-1.0.0-r3.2.2_0
Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org
Fetching package metadata: ......
Solving package specifications: .
Error: Packages missing in current linux-64 channels:
- r 3.2.2*
- r-rcolorbrewer
我已经通过安装r 3.2.2
-64bit 10,它运行没有问题。我也已经通过conda
安装了r-colorbrewer
,并且我可以在R中使用该包而没有问题。为什么在尝试构建conda
包时遇到这些错误?
我在Linux(Antergos,Arch衍生产品)上,内核为4.4.5-1-ARCH。
UPDATE 2015年4月19日
感谢this answer,我发现我可以在同一个目录,我想安装的软件包分别创建这些文件包括的依赖关系。这对我不起作用,但我也读到,我可以在安装命令-c
中包含一个通道,就像安装时一样。所以,现在我做:
conda build -c r r-rafalib
这被通过了所有的依赖问题,但是获取,提取和链接包后,它会失败。这是错误消息的结尾。
Removing old work directory
Source cache directory is: /home/joel/anaconda2/conda-bld/src_cache
Downloading source to cache: rafalib_1.0.0.tar.gz
Downloading http://cran.r-project.org/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz
rafalib_1.0.0. 100% |#######################| Time: 0:00:00 4.87 MB/s
Success
Extracting download
Package: r-rafalib-1.0.0-r3.2.2_0
source tree in: /home/joel/anaconda2/conda-bld/work/rafalib
+ mv DESCRIPTION DESCRIPTION.old
+ grep -v '^Priority: ' DESCRIPTION.old
+ /home/joel/anaconda2/envs/_build/bin/R CMD INSTALL --build .
sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Command failed: /bin/bash -x -e /home/joel/drafts/r-rafalib/build.sh
误差sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
相同我使用install.packages()
as reported here时遇到的问题。
有一些related discussion in this thread。我试图通过安装不同版本的ncurses来解决这个错误,其中包括this patched version,并且我试图链接readline库,as suggested here,但是我仍然遇到同样的错误。在这一点上我很迷茫,任何帮助解决这个问题都将不胜感激。
Windows 7上的同样问题,包'WeightedCluster'的依赖关系'r-traminer'。用'install.packages'结束在R中的安装。 – Diego