图形工具中的顶点坐标

Question

我想以高效的方式在图形工具中指定图形顶点的坐标。

给定一个CSV它看起来像：

Node,X,Y 

1,2.5,3.8 

2,3.4,2.9 

...

我想图形工具到顶点1的位置（2.5,3.8）等绘制...

一个非效率的解决方案如下： Explicit vertex position in python graph-tool，所以我基本上可以使用for循环遍历所有的坐标并将它们保存在属性映射'pos'中。如果我的图是“G”和我的CSV是在数据帧“坐标”用熊猫看书，我可以这样做：

for i in range(1,numnodes+1): 
    pos[g.vertex(i)] = (coordinates.values[i-1,1],coordinates.values[i-1,2]) 

的问题是，我的节点数目，numnodes大（〜10^7） ，这可能需要一些时间。

是否有更有效的方法来通过直接在属性图'pos'中输入数据来执行此操作？

Answer 1

我发现一个回答我的问题，一个有效的方式做到这一点是使用。 set_2d_array（）函数;

pos.set_2d_array(coordinates[['X','Y']].values.T) 

有窍门。 这里“.T”是转置函数，是numpy库的一部分。

Answer 2

我想试试这个：

pos = coordinates[['X','Y']].values 

如果graph-tool接受numpy的阵列，否则：

pos = [tuple(t) for t in coordinates[['X','Y']].values]