2016-08-23 43 views
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以下R代码行会以斜体显示错误。这似乎是一个rpubchem错误,除非我做一些愚蠢的事:看似简单的rpubchem交互功能会产生错误

require(rpubchem); 
    get.aid.by.cid(614467, type="raw") 

输出:

***Warning messages: 
1: In readLines(icon, n = 100) : 
    seek on a gzfile connection returned an internal error 
2: In readLines(icon, n = 100) : 
    seek on a gzfile connection returned an internal error 
3: In file.remove(iname) : 
    cannot remove file 'C:\Users\bkoch\AppData\Local\Temp\RtmpSs77GM\abycbdc276782.gz', reason 'Permission denied'*** 

任何人都知道是怎么回事?

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这不是一个错误消息。它是一条警告消息,与错误消息不同。错误意味着您的命令未成功应用。另一方面警告表明命令已执行(但有注意事项) –

回答

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在警告中提到的文件夹中是通过此程序包在数据拉取期间创建的临时文件。警告中提到的文件名存在,但缺少.gz扩展名,这可能是问题的一部分。

我通过运行您的代码和检查文件来验证此信息。显然这个问题是一个小错误,我会建议在GitHub上提交一个错误报告。

但是请注意,这只是一个警告,不是一个错误,该功能似乎仍然有效。

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感谢这两个澄清。 –