Gviz中的注释轨迹

Question

是否有经验的人使用bioconductor程序包：Gviz知道如何通过DataTrack直接添加AnnotationTrack？

例如，在ggplot2我可以使用+ geom_text添加到prexitsting情节，但我一直没能找到一个类似的功能为Gviz

谢谢！

Answer 1

虽然这不完全是你想要的，但一种可能的解决方案是添加一个覆盖您感兴趣的区域的HighlightTrack。虽然这不会在您的DataTrack上特别标注/添加关键元素，但它有助于突出显示不同DataTracks之间的对齐。

实施例：

library(Gviz) 
library(GenomicRanges) 
data(geneModels) 
data(cpgIslands) 
gen <- genome(cpgIslands) 
chr <- 1 
start <- 120005434 
end <- 129695434 
itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr) 
gtrack <- GenomeAxisTrack() 
grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome = gen, chromosome = chr, name = "foo") 
htrack <- HighlightTrack(trackList = list(gtrack, grtrack), start = 121535434, end = 124535434, chromosome = chr) 
plotTracks(list(itrack, htrack), from = start, to = end) 

图形输出

虽然grtrack是空的，它说明了如何将HighlightTrack将跨越指定DataTracks（在这种情况下，grtrack和gtrack ）。

有关详细信息，请参阅GViz documentation。