R - 素食套餐。 metaMDS错误

Question

我想知道为什么即时得到这个错误运行metaMDS：

'通讯' 具有负的数据： 'autotransform'， 'noshare' 和 'wascores' 设置为FALSE

我想要做NMDS和树状图，但是可以用上面的错误来做。

我的数据集可供下载，如果有人想检查DATASET。导入数据后，我转置了列和行。之后，在尝试运行metaMDS之前，我用O替换了NA值。

abundance <- read.table("1_abundance.txt", header = TRUE)   
    abundance[is.na(abundance)] <- 0 
    abundance_trans <- t(abundance) 
    metaMDS(abundance_trans, distance = "bray", k = 2, trymax = 50) 

Answer 1

1. 这不是错误信息，但信息：metaMDS告诉你，你有消极的数据项，也不会做出一些技巧，它默认做非负数据。
2. 第二个问题是你要求Bray-Curtis的不同之处，它只适用于非负数据。

你有两种选择：要么处理负值，要么使用不同的度量来处理它们。如果你认为你没有负面数据，那么你错了：电脑知道。阅读数据时可能会有错误，并且您可能有不应该有的列或行。检查你的数据。