[R Bioconductor的MZR库加载错误

希望有人能帮助我..我试图安装mzmatch.R包代谢组学，这里的操作说明：http://mzmatch.sourceforge.net/tutorial.mzmatch.r.php [R Bioconductor的MZR库加载错误

我完全新的与R，所以这是我第一次做这种事情。首先，我下载了最新版本的R并将其安装在Mac OSX 10.7上。这是我运行的R的版本： R 2.15.0 GUI 1.51 Leopard build 64位（6148）

然后，我启动了R64.app并键入以下命令（如链接中的说明上面）安装包及其所有依赖项。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite(c("faahKO", "xcms", "multtest")) 
> install.packages(c("rJava","XML","snow","caTools","bitops","ptw")) 
> source ("http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R")

最后一步总是会失败，出现以下消息：

trying URL 'http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/mzmatch.R.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 104535 bytes (102 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 102 Kb 

* installing *source* package ‘mzmatch.R’ ... 
** R 
** preparing package for lazy loading 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details: 
    call: value[[3L]](cond) 
    error: failed to load module Ramp from package mzR 
could not find function "errorOccured" 
Error : package ‘mzR’ could not be loaded 
ERROR: lazy loading failed for package ‘mzmatch.R’ 
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mzmatch.R’ 
Warning message: 
In install.packages(pkgs = "mzmatch.R.tar.gz", repos = NULL, type = "source") : 
    installation of package ‘mzmatch.R.tar.gz’ had non-zero exit status

我以为这是因为图书馆 “MZR” 无法加载，所以我尝试：

> biocLite("mzR") 
> library("mzR")

果然，出现同样的错误：

Loading required package: Rcpp 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details: 
    call: value[[3L]](cond) 
    error: failed to load module Ramp from package mzR 
could not find function "errorOccured" 
Error: package/namespace load failed for ‘mzR’

我现在很迷茫，不知道该怎么办。谢谢阅读！

来源

2012-06-24 x112341

如果您尝试“library（xcms）”，然后选择“source（'http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R'）”，它有帮助吗？ – neilfws

验证'sessionInfo（）'的输出（隐含地确保你使用的是当前R）并询问[Bioconductor邮件列表]（http://bioconductor.org/help/mailing-list/），cc （来自[Bioc mzR登陆页面]（http://bioconductor.org/packages/2.10/bioc/html/mzR.html））的软件包维护者可能会得到一些帮助。 –

假设您正在运行mzR v1.2.1和Rcpp v0.9.12，您看到的问题是两者之间不幸和意外的不兼容。同时，降级到Rcpp_0.9.10.zip将解决此问题。希望尽快做出适当的修复。

洛朗

UDAPE：的问题是编译器/连接错误的结果，需要一个新的MZR建设，这是目前可通过biocLite。

来源

2012-06-26 16:45:25 Laurent

感谢您查看此内容，并在此处进行更新。 –

感谢您的帮助！ – Laurent

[R Bioconductor的MZR库加载错误

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