使用节点的XY坐标设置（igraph）图形

我正在尝试使用节点的坐标创建igraph图形。我意识到没有直接的方法通过用于R的igraph程序包来完成此操作。使用节点的XY坐标设置（igraph）图形

有些方法可以使用layout()函数在2D空间上绘制图表，但我需要从已知的坐标的节点。我会很感激任何人都可以提供这个帮助。

为什么我试图用这种方式设置图表？在用坐标参数化图形节点之后，我想使用考虑节点之间的距离的概率测量来连接节点。

谢谢。 Hitaysh

# Initial Co-ordinates of nodes 
    n = 1000 # no. of nodes 
    nodes.coord <- data.frame(x=runif(n,min=0,max=n), 
           y=runif(n,min=0,max=n)) 

    # Set up a graph with nodes on above co-ordinates...

P.S.这是我在StackOverflow上的第一篇文章。关于如何更好地提出问题的任何建设性反馈也是受欢迎的。

来源

2014-09-28 Hitaysh

我不明白你在做什么。图结构完全独立于绘制的xy坐标。如果要控制渲染节点的位置，可以使用'plot.igraph（）'中的'layout ='参数（请参阅'？igraph :: layout'）。 xy坐标不告诉你连接哪个节点。请阅读[如何创建可重现的示例]（http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example），并包括示例输入和期望的输出。（如果你打算使用runif，也可以使用'set.seed（）'，这样我们可以得到相同的值）。 – MrFlick 2014-09-28 17:18:23

阅读您的问题当场打死多次后，我猜测，这样的事情会工作

n = 20 # no. of nodes 
set.seed(15) 
nodes.coord <- data.frame(
    x=runif(n,min=0,max=n), 
    y=runif(n,min=0,max=n) 
) 
gg <- graph.empty(n) 
plot(gg, layout=as.matrix(nodes.coord[,c("x","y")]))

enter image description here

但是，如果你要根据距离来连接节点，它可能是有道理的在创建igraph对象之前查找连接，因为您已经知道位置。

来源

2014-09-28 17:25:36 MrFlick

谢谢MrFlick，我喜欢在创建图表之前计算连接的想法。我会尽快发布我的代码的简化版本。 – Hitaysh 2014-09-29 03:12:07

使用节点的XY坐标设置（igraph）图形

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