蛋白质结构可视化

我被要求研究蛋白质结构可视化，像RasMol，其中用户将打开一个pdb文件来获取蛋白质结构。蛋白质结构可视化

如何从pdb文件生成蛋白质结构？

我想在Python中编写代码并使用OpenGL或VTK可视化结构？在这方面有没有其他模块可以帮助我？

来源

2011-07-22 Shane

RasMol源代码是否可用？ – PhiS

为什么你想实现另一个可视化器？这是一个CG练习吗？或者，您认为目前可用的程序（PyMOL，Chimera，Jmol，...）缺少哪些功能？你可以在各自的邮件列表中询问缺失的功能吗？ – HongboZhu

你应该尝试pymol有一个python界面。

Here你如何PyMOL的脚本与意见

作为一名学生，你可以得到PyMOL的，没有从pymols站点免费下载到交互的初学者教程。另外，Gohlke提供了32位和64位窗口和python 2.6-2.7的安装程序。

来源

2011-07-22 16:28:18 joaquin

允许我构造并指出这是一个完整的解决方案，它使用python来编写pymol应用程序，而不是其他任何东西。另外，由于他没有在大学入学，他将不得不支付$ 20,000或使用pymol花费多少钱。 – marinara

PyMOL是一个开源程序。您可以从源代码编译自己的版本，而且不会花费金钱。 Linux下安装： http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install Windows中安装有点棘手，但可行的： http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install 其源代码以python或C/C++的形式提供。如果你想开始自己的实现，你将会从中受益。 – HongboZhu

@HongboZhu对，但在windows的情况下，从pymol开始并不困难：正如我已经指出的那样，您可以从Gohlke的仓库获取（免费）windows二进制安装程序。似乎marinara没有注意到我的编辑，并没有纠正/删除他的评论 – joaquin

我认为Pymol不再是免费的，因为它必须从Schrödinger购买。夫妇的免费程序： - Jmol的（坏!!不要使用，除非你有没有其他的选择） - PYMOL（如果你是学术） - Yasara - 发现工作室（Accelrys公司） - 的RasMol（无更长的维护） - VMD（可视化轨迹的最佳方案）。非常强大，但我从未使用它。

我不知道你是否可以在所有这些脚本中执行脚本。

我用PyMol工作了很多，我做了一些插件。唯一的限制是您可以将它用作查看器，但没有别的。例如，您无法通过单击原子来获取信息。

好运

来源

2011-07-22 17:29:15 nathanael

你可以从sourceforge获得源代码（http://sourceforge.net/projects/pymol/files/pymol/1.4.1/）。如果你想要二进制安装程序，你可以从我的帖子 – joaquin

中指出的Golhke站点获得他们。还有免费版本的pymol。 http://sourceforge.net/projects/pymol/ PYMOL完全有能力做任何事情的，它只是可能需要一些严肃的探索/实验找出使这种情况发生。 – Ryanmt

奇美拉http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/是另一种浏览器。我认为它的许可比pymol更灵活。

你正在写自己的？我认为这些答案中的大多数都指向你实施观众。祝你好运，但我想这需要很多工作。

来源

2011-07-22 17:40:46 Ryanmt

蛋白质结构可视化

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