结合多指标和指数的大熊猫数据帧

Question

我试图拿出一个数据帧做一些数据分析和真的会从具有数据帧，可以在一个数据帧处理常规的索引和MultiIndexing一起受益。

对于每位患者，我有各种类型的数据（T1avg，T2avg，等...）的6片。让我们称此dataframe1（从IPython的笔记本）：输出的

import pandas 
dat0 = numpy.zeros([6]) 
dat1 = numpy.zeros([6]) 
pat0=(['NecS3Hs05']*6) 
pat1=(['NecS3Hs06']*6) 

slc = (['Slice ' + str(x) for x in xrange(dat0.shape[-1])]) 

ind = zip(*[pat0+pat1,slc+slc]) 

named_ind = pandas.MultiIndex.from_tuples(ind, names = ['Patients','Slices']) 
ser = pandas.Series(numpy.append(dat0,dat1),index = named_ind) 
df = pandas.DataFrame(data=ser, columns=['T1avg']) 

图片：df1

我也有，对于每个患者，各种信息串（肿瘤类型，成像会话的数量，处理类型）：

pats = ['NecS3Hs05','NecS3Hs05'] 
tx = ['Control','Treated'] 
Ttype = ['subcutaneous','orthotopic'] 
NSessions = ['2','3'] 

cols = ['Tx Group', 'Tumour Type', 'Imaging Sessions'] 
dat = numpy.array([tx,Ttype,NSessions]).T 

df2 = pandas.DataFrame(dat, index=pats,columns=cols) 

[我想在这里张贴图片为好，但我至少需要10声誉这么做]

理想情况下，我想有一个数据帧（如下所示）（勾勒出来的图像编辑器抱歉）

所需输出的图像：df-desired

但是当我尝试使用附加命令，

com = df.append(df2) 

我得到不需要的东西，多指标的，我在DF成立，现在走了，带着类型元组的简单指数（“NecS3Hs05，片0”等）所取代。来自df2的指数保持不变'NecS3Hs05'。

这是可以做到与熊猫，还是我在这里找错了树？此外，这甚至是推荐的将数据框中的患者属性存储起来的方法（即这是否为未解决的问题）？我认为我真正想要的是将所有内容都保存在一个简单的索引中，而是将N-d数组存储在数据框的元素中。

举例来说，如果我尝试类似：

com['NecS3Hs05','T1avg'] 

我想要得到的形状/数组/元组len个6

，当我试图让肿瘤类型：

com['NecS3Hs05','Tumour Type'] 

我得到的字符串“皮下”。很明显，我也想保留数据帧的酷炫功能，看起来PANDAS是正确的方式，我只需要更多地了解如何设置我的数据帧

我希望这是一个明智的问题，如果不是的话，我很乐意重新组建它。

Answer 1

你的问题是可以解决的，我相信，如果你删除了多指标的企业。设想'''df'''只有（非唯一）'Patient'作为索引。 '切片'将成为一个简单的专栏。

ind = zip(*[pat0+pat1]) 
named_ind = pandas.MultiIndex.from_tuples(ind, names = ['Patients']) 
df = pandas.DataFrame({'T1avg':ser}) 
df['Slice']=pandas.Series(numpy.append(slc, slc), index=df.index) 

如果你必须切片中选择，你仍然可以做到这一点：

df[df['Slice']=='Slice 4'] 

会给你4片对所有患者。请注意这是如何消除所有患者都需要的。

只要你的新数据帧（DF2）定义，你现在就可以对指数很简单，加入同一个指标：

df.join(df2) 

，你会得到

   T1avg Slice Tx Group Tumour Type Imaging Sessions 
Patients               
NecS3Hs05  0 Slice 0 Control subcutaneous    2 
NecS3Hs05  0 Slice 1 Control subcutaneous    2 
NecS3Hs05  0 Slice 2 Control subcutaneous    2 
NecS3Hs05  0 Slice 3 Control subcutaneous    2 
NecS3Hs05  0 Slice 4 Control subcutaneous    2 
NecS3Hs05  0 Slice 5 Control subcutaneous    2 
NecS3Hs06  0 Slice 0 Treated orthotopic    3 
NecS3Hs06  0 Slice 1 Treated orthotopic    3 
NecS3Hs06  0 Slice 2 Treated orthotopic    3 
NecS3Hs06  0 Slice 3 Treated orthotopic    3 
NecS3Hs06  0 Slice 4 Treated orthotopic    3 
NecS3Hs06  0 Slice 5 Treated orthotopic    3