在igraph图中批量修改边缘

我想增加igraph图的邻接矩阵。我尝试没有成功执行以下操作：在igraph图中批量修改边缘

require(igraph) 
require(Matrix) 
set.seed(123) # to get always the same graph (see "R reproducible example") 
G <- igraph::erdos.renyi.game(20,10,type="gnm") 
mat <- Matrix(1:16, ncol=4,nrow=4) 
G[1:4, 1:4] <- mat 
# Error in `[<-.igraph`(`*tmp*`, 1:4, 1:4, value = <S4 object of class "dgeMatrix">) : 
# New value should be NULL, numeric or logical

也试过： G [1：4，1：4] < - as.numeric（垫）

# Error in `[<-.igraph`(`*tmp*`, 1:4, 1:4, value = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, : 
# Logical or numeric value must be of length 1

我知道有关add.edges()功能，但它似乎不会取代边缘，而是附加重量？如果我错了，请纠正我的错误。

我是R的新手，所以请尽可能详细。

由于

来源

2013-10-27 quine

我不确定你在这里做什么？ “替代边缘”是什么意思？如果要删除顶点1：4中的边，并添加矩阵中的边，那么只需使用'delete.edges（）'和'add.edges（）。 –

通过'替换边缘'我实际上意味着使用新的权重去除和替换边缘权重，只需要一个更有效的步骤。当我说高效时，我的意思是只更新需要它的位置上的节点的索引，而不是全部删除，然后将全部添加到我想要的子矩阵中。我猜这可能是缓慢的，因为节点索引必须更新两次，以获得子矩阵中的所有节点？ – quine

如果边缘已经全部存在，那么只需更新它们的权重。这可以用'G [from = ...，to = ...] < - newweigths'完成。您不能在一个步骤中添加边和更新其他边的权重。无法在单个步骤中删除边和边。顺便说一句。添加权重不会改变内部的图形索引，但是在R中，它会复制整个图形一次。 –

分配G[] <-只需要一个逻辑值作为文档中所述（即TRUE或FALSE）。
（类型：

?`[<-.igraph`

，并检查节 “索引运营商”）

因此，举例来说，如果你用这种方式创建一个图表：

require(igraph) 
set.seed(144) # just to get the same initial graph 
G <- igraph::erdos.renyi.game(10,5,type="gnm") 

plot.igraph(G,layout=layout.kamada.kawai)

Initial Graph

那么你这样做：

G[1:4,1:4] 
> 
[1,] . . . . 
[2,] . . 1 . 
[3,] . 1 . . 
[4,] . . . .

你得到的(0,1)，一个4x4稀疏矩阵，其中1在(i,j)位置表明，有一个从i到j边缘。
正如你所看到的，在这种情况下，只有一个边缘2,3（显然3,2，因为是一个无向图）

然后，通过设置G[1:4,1:4] <- TRUE你这是在强迫边缘的所有顶点之间(1,4)，相反，通过设置G[1:4,1:4] <- FALSE您正在删除(1,4)中所有顶点之间的所有边。因此，这些方法不太适合选择性地“批量改变”邻接矩阵，因为您只能创建或删除矩阵子集中的所有边。

在我看来，更好的方法可能是将这种方法与add.edges相结合;例如，如果您想更改(1,4) adj。子矩阵连接(1,3)和(2,4)，你可以这样做：

G[1:4,1:4] <- FALSE # remove previous edges 
G <- add.edges(G, c(1,3,2,4)) # add the new edges

事实上，再次密谋：

plot.igraph(G,layout=layout.kamada.kawai)

你会得到这样的：

Modified Graph

在那里你可以看到该边缘(2,3)已被淘汰，新边缘(1,3)和(2,4)已被添加。

来源

2013-10-27 11:44:04 digEmAll

看来你是对的。这是做我所需要的最有效的方法。谢谢！ – quine

在igraph图中批量修改边缘

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